Windows 下载find_circ
时间: 2024-03-31 10:37:36 浏览: 110
你可以从 find_circ 的官方网站(http://circbase.org/download)下载适用于 Windows 操作系统的 find_circ。
1. 从网站下载 find_circ 的源代码,点击页面中的“Download”按钮,选择“find_circ.py”即可。
2. 下载完成后,解压缩下载的文件到你想要放置的目录中。
3. 打开命令提示符(CMD),进入到 find_circ 的解压缩目录中。
4. 在命令提示符中,输入以下命令来测试 find_circ 是否安装成功:
```
python find_circ.py -h
```
如果 find_circ 安装成功,将输出 find_circ 的帮助信息。
注意:为了能够在 Windows 中运行 find_circ,你需要安装 Python 2.7,并将 Python 的路径添加到系统的环境变量中。此外,你还需要安装 Bowtie 1 和 Samtools,也需要将它们的路径添加到系统的环境变量中。
相关问题
find_circ 有Windows版本吗
是的,find_circ 有适用于 Windows 操作系统的版本。你可以从 find_circ 的官方网站(http://circbase.org/download)下载到 Windows 版本的 find_circ。
下载完成后,你需要解压缩下载的文件,并将解压后的文件夹添加到系统的环境变量中。
在 Windows 中,你可以使用以下命令来运行 find_circ:
```
find_circ.py -g <genome.fa> -p <prefix> -1 <read1.fq> -2 <read2.fq> [--quiet]
```
其中,`<genome.fa>` 是参考基因组序列的 fasta 格式文件,`<prefix>` 是输出文件的前缀,`<read1.fq>` 和 `<read2.fq>` 分别是 RNA-seq 测序数据的第一条和第二条 reads。
如果你想要了解更多关于如何使用 find_circ,可以参考 find_circ 的官方文档。
Ubuntu 安装find_circ
要在Ubuntu系统上安装find_circ,您可以按照以下步骤进行操作:
1. 打开终端,并使用以下命令下载find_circ的安装包:
```
wget https://github.com/marvin-jens/find_circ/releases/download/v1.2.1/find_circ-1.2.1.tar.gz
```
2. 下载完成后,使用以下命令解压缩安装包:
```
tar -zxvf find_circ-1.2.1.tar.gz
```
3. 进入解压缩后的find_circ文件夹,并使用以下命令编译和安装find_circ:
```
cd find_circ-1.2.1
make
sudo make install
```
4. 上述步骤完成后,您可以使用以下命令来检查find_circ是否已经成功安装:
```
find_circ -h
```
如果该命令能够正常执行并输出帮助信息,则说明find_circ已经成功安装。
阅读全文