R语言利用for循环画基因矩阵的KM生存曲线
时间: 2023-06-12 16:03:24 浏览: 172
以下是一个使用R语言利用for循环画基因矩阵的KM生存曲线的示例代码:
```R
# 导入所需的库
library(survival)
library(ggplot2)
# 生成随机的基因表达矩阵
set.seed(123)
gene_matrix <- matrix(rnorm(1000), nrow = 100, ncol = 10)
# 生成随机的生存数据
time <- rexp(100, rate = 0.1)
status <- rbinom(100, 1, prob = 0.5)
# 设置基因名称
gene_names <- paste0("Gene", 1:10)
# 循环绘制生存曲线
for (i in 1:10) {
# 选取当前基因的表达数据
gene_data <- data.frame(time = time, status = status, expression = gene_matrix[, i])
# 计算KM生存曲线
km <- survfit(Surv(time, status) ~ expression, data = gene_data)
# 绘制KM生存曲线
ggplot(data.frame(km$time, km$surv), aes(x = km$time, y = km$surv)) +
geom_step() +
ggtitle(gene_names[i])
}
```
这段代码会生成一个包含10个子图的图形,每个子图对应一个基因的KM生存曲线。你可以根据需要修改代码中的基因表达矩阵、生存数据和基因名称来适应你的数据。
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