R语言利用for循环画基因矩阵的KM生存曲线并输出保存

以下是R语言代码，可以利用for循环画基因矩阵的KM生存曲线并输出保存：

# 加载所需的库
library(survival)
library(survminer)

# 创建一个基因矩阵
gene_matrix <- matrix(rnorm(100), ncol = 10)

# 创建一个生存数据
surv_data <- data.frame(
  time = runif(10, 0, 100),
  status = sample(c(0, 1), 10, replace = TRUE)
)

# 创建一个基因列表
gene_list <- colnames(gene_matrix)

# 创建一个空的列表，用于保存生存曲线的数据
surv_curve_list <- list()

# 循环遍历基因列表
for(gene in gene_list) {
  
  # 提取当前基因的表达数据
  gene_expression <- gene_matrix[, gene]
  
  # 合并基因表达数据和生存数据
  data <- data.frame(gene_expression, surv_data)
  
  # 创建适当的对象
  surv_object <- Surv(data$time, data$status)
  
  # 创建 KM生存曲线
  p <- ggsurvplot(
    survfit(surv_object ~ gene_expression, data = data),
    data = data,
    risk.table = TRUE,
    pval = TRUE,
    ggtheme = theme_classic(),
    xlab = "Time",
    ylab = "Survival probability",
    legend.title = "Gene expression",
    legend.labs = c("Low", "High"),
    legend.position = "right"
  )
  
  # 将生存曲线数据保存到列表中
  surv_curve_list[[gene]] <- list(
    x = p$surv$plot_data$time,
    y = p$surv$plot_data$surv,
    upper = p$surv$plot_data$upper,
    lower = p$surv$plot_data$lower
  )
  
  # 输出生存曲线
  print(p)
  
  # 保存生存曲线为PDF文件
  ggsave(
    paste0(gene, "_survival_curve.pdf"),
    plot = p$plot,
    device = "pdf",
    width = 8,
    height = 6
  )
}

这段代码将会循环遍历基因列表，提取每个基因的表达数据，并且用survminer包中的ggsurvplot函数画出基因表达与生存之间的KM生存曲线。对于每个基因，生存曲线数据将会保存到一个列表中，并且将会输出生存曲线和保存到PDF文件中。