在4.1.3版本的R语言中建立加权有向ergm模型,模型中的变量包含边和几何几何加权二元共享伙伴,参照分布项设置为泊松分布,借助MCMCpack包对模型分别使用MH采样函数以及Gibbs采样函数下的MCMC算法进行参数估计,迭代1000次,并且绘制后验密度图、迭代轨迹图、自相关图像
时间: 2024-02-05 19:11:45 浏览: 10
建立加权有向ergm模型的代码如下:
```{r}
library(ergm)
data <- read.csv("data.csv")
model <- ergm(data ~ edges + gwesp(0.1, fixed = TRUE),
response = "weight",
control = control.ergm(seed = 123))
```
其中,`data`为数据集,`edges`为边的数量,`gwesp`为几何几何加权二元共享伙伴,`response`为响应变量为权重。我们使用控制参数`control.ergm`设置随机数种子为123。
使用MH采样函数进行MCMC算法:
```{r}
library(MCMCpack)
set.seed(123)
mcmc.mh <- MCMCmetrop1R(model, burnin = 100, mcmc = 1000)
```
其中,`burnin`为预烧期,`mcmc`为采样次数。
使用Gibbs采样函数进行MCMC算法:
```{r}
set.seed(123)
mcmc.gibbs <- MCMCgibbsR(model, burnin = 100, mcmc = 1000)
```
绘制后验密度图:
```{r}
library(coda)
plot(density(as.mcmc(mcmc.mh)))
plot(density(as.mcmc(mcmc.gibbs)))
```
绘制迭代轨迹图:
```{r}
plot(as.mcmc(mcmc.mh))
plot(as.mcmc(mcmc.gibbs))
```
绘制自相关图像:
```{r}
acf(as.mcmc(mcmc.mh))
acf(as.mcmc(mcmc.gibbs))
```