def get_seq_cnt(seq): nums = seq.values l = [] pre = 0 i = 0 for n in nums: if n == 0: i = 0 elif (pre == 0 and n != 0) or pre == n: i += 1 else: i = 0 l.append(i) pre = n return pd.Series(l, index=seq.index)

时间: 2024-02-14 15:31:37 浏览: 31
这段代码定义了一个名为 `get_seq_cnt` 的函数,该函数接受一个序列 `seq` 作为参数,并返回一个以 `seq.index` 作为索引的 Pandas Series。 函数首先将序列 `seq` 中的值存储在 `nums` 变量中,并创建一个空列表 `l`。接下来,定义了变量 `pre` 和 `i`,分别用于存储上一个数和当前数的索引。 接下来,使用 `for` 循环遍历 `nums` 中的每个数。在循环中,首先判断当前数是否为 0,如果是,则将 `i` 重置为 0。如果当前数不为 0,并且上一个数为 0 或者上一个数与当前数相等,则将 `i` 加1。否则,将 `i` 重置为 0。每次循环结束后,将 `i` 的值添加到列表 `l` 中,并更新 `pre` 的值为当前数。 最后,通过 `pd.Series(l, index=seq.index)` 创建一个以 `seq.index` 作为索引的 Pandas Series,并将其作为函数的返回值。
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def cut_in_sequences(x,seq_len, inc=1):

这是一个用于将序列 x 切分为长度为 seq_len 的子序列的函数,inc 参数表示每次切分的步长,默认为 1。具体实现可以参考以下代码: ```python def cut_in_sequences(x, seq_len, inc=1): n = len(x) res = [] for i in range(0, n - seq_len + 1, inc): res.append(x[i:i+seq_len]) return res ``` 该函数会返回一个列表,其中每个元素都是长度为 seq_len 的子序列。如果 x 的长度不足 seq_len,则返回一个空列表。

解释以下python代码other_array = seq_dets[seq_dets[:, 0] == frame, 1:7]

这段Python代码的作用是从一个二维数组seq_dets中选择一部分数据,赋值给变量other_array。选择的规则是选取第一列等于变量frame的行,然后选取这些行的第2到第7列数据。 具体解释: 1. seq_dets[:, 0]表示选取seq_dets数组的第一列,形成一个列向量。 2. seq_dets[:, 0] == frame表示将上一步得到的列向量中等于变量frame的位置标记为True,其它位置标记为False,形成一个长度和seq_dets数组行数相同的布尔型行向量。 3. seq_dets[seq_dets[:, 0] == frame]表示根据上一步得到的布尔型行向量,从seq_dets数组中选择行。这里所有被标记为True的行都会被选中。 4. seq_dets[seq_dets[:, 0] == frame, 1:7]表示在上一步选择的行中,选取第2到第7列数据,形成一个新的二维数组other_array。

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帮我为下面的代码加上注释:class SimpleDeepForest: def __init__(self, n_layers): self.n_layers = n_layers self.forest_layers = [] def fit(self, X, y): X_train = X for _ in range(self.n_layers): clf = RandomForestClassifier() clf.fit(X_train, y) self.forest_layers.append(clf) X_train = np.concatenate((X_train, clf.predict_proba(X_train)), axis=1) return self def predict(self, X): X_test = X for i in range(self.n_layers): X_test = np.concatenate((X_test, self.forest_layers[i].predict_proba(X_test)), axis=1) return self.forest_layers[-1].predict(X_test[:, :-2]) # 1. 提取序列特征(如:GC-content、序列长度等) def extract_features(fasta_file): features = [] for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): seq = record.seq gc_content = (seq.count("G") + seq.count("C")) / len(seq) seq_len = len(seq) features.append([gc_content, seq_len]) return np.array(features) # 2. 读取相互作用数据并创建数据集 def create_dataset(rna_features, protein_features, label_file): labels = pd.read_csv(label_file, index_col=0) X = [] y = [] for i in range(labels.shape[0]): for j in range(labels.shape[1]): X.append(np.concatenate([rna_features[i], protein_features[j]])) y.append(labels.iloc[i, j]) return np.array(X), np.array(y) # 3. 调用SimpleDeepForest分类器 def optimize_deepforest(X, y): X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2) model = SimpleDeepForest(n_layers=3) model.fit(X_train, y_train) y_pred = model.predict(X_test) print(classification_report(y_test, y_pred)) # 4. 主函数 def main(): rna_fasta = "RNA.fasta" protein_fasta = "pro.fasta" label_file = "label.csv" rna_features = extract_features(rna_fasta) protein_features = extract_features(protein_fasta) X, y = create_dataset(rna_features, protein_features, label_file) optimize_deepforest(X, y) if __name__ == "__main__": main()

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