fCountsList = featureCounts(bamFile, annot.ext=gtfFile, isGTFAnnotationFile=TRUE, nthreads=nthreads, isPairedEnd=FALS)dgeList = DGEList(counts=fCountsList$counts, genes=fCountsList$annotation)输出报错
时间: 2023-07-19 13:50:23 浏览: 52
这个错误可能是因为`fCountsList`对象中没有`counts`和`annotation`属性。请检查`fCountsList`对象的内容,确保它包含你所需的属性。你可以使用`names()`函数来列出`fCountsList`对象中可用的属性名称,例如`names(fCountsList)`。如果`counts`和`annotation`不是`fCountsList`对象的属性,请检查`featureCounts()`函数的调用是否正确。如果您已经确定这两个属性存在,请检查它们是否被正确地命名,或者是否需要使用其他名称。
相关问题
fCountsList = featureCounts(bamFile, annot.ext=gtfFile, isGTFAnnotationFile=TRUE, nthreads=nthreads, isPairedEnd=FALS) Error in featureCounts(bamFile, annot.ext = gtfFile, isGTFAnnotationFile = TRUE, : object 'FALS' not found
这个错误信息提示了一个对象'FALS'未找到的错误,这很可能是因为您在函数调用中将`isPairedEnd`参数的值设置为"FALS"而不是`FALSE`,因此R语言无法识别该值。
请尝试将`isPairedEnd`参数的值更正为`FALSE`,然后重新运行您的代码,例如:
```
fCountsList = featureCounts(bamFile, annot.ext=gtfFile, isGTFAnnotationFile=TRUE, nthreads=nthreads, isPairedEnd=FALSE)
```
这应该会解决这个问题。
sns.heatmap(data=fea_corr,square=True,annot=True)
This code creates a heatmap using the seaborn library in Python. The heatmap displays the correlation between different features in a dataset. The 'data' parameter is used to specify the dataset for which the heatmap needs to be created. The 'square' parameter is used to make the heatmap square in shape. The 'annot' parameter is used to display the correlation values on the heatmap.
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