linux下FeatureCounts参数

在Linux下，FeatureCounts是一个常用的工具，用于计算RNA-Seq数据中基因或外显子的计数。下面是FeatureCounts的常用参数：

-s <strandness>：指定测序数据的链特异性。可选参数为0、1、2，分别表示无特异性、正链特异性和负链特异性，默认为0（无特异性）。

-t <feature type>：指定要计数的特征类型。可选参数为gene、exon、intron、promoter等，默认为gene。

-g <attribute type>：指定要计数的特征属性类型。对于gene类型的特征，可选参数为gene_id、gene_name、gene_biotype等；对于exon类型的特征，可选参数为exon_id、gene_id等。默认为gene_id。

-a <annotation file>：指定参考注释文件，必选参数。

-o <output file>：指定输出文件名，必选参数。

-B：在count计数时，将reads分配到多个overlap的特征中。如果一个read与多个特征有overlap，则将该read分配给所有overlap的特征。默认为不启用。

-C：将count矩阵转置，即将samples作为行，features作为列输出。默认为不启用。

-T <num_threads>：指定使用的线程数，默认为1。

-sa：同时输出每个样本的计数结果。

-sf：输出每个特征的摘要计数结果。

-gene-name：输出基因名而非基因ID。

--donotsort：不按照坐标排序输入的BAM文件。

--fraction：计算fraction reads。

--largestOverlap：对于每个read，选择与其有最大overlap的特征进行计数。

--minOverlap：对于每个read，只计数与其有最小overlap的特征。

--read2pos：输出read的位置信息。

--readExtension3：read的3'端延伸长度，默认为0。

--readExtension5：read的5'端延伸长度，默认为0。

--requireBothEndsMapped：只计数两端都能够mapping到特征的reads。

--primary：只计数被标记为primary的reads。

--ignoreDup：忽略重复的reads。

--splitOnly：只对split reads进行计数。

--fracOverlap <fraction>：设置最小overlap的比例，默认为0.5。

--fraction <fraction>：计算fraction reads的比例，默认为1。

--minReadOverlap <bp>：设置最小overlap的长度，默认为1bp。

--maxReadOverlap <bp>：设置最大overlap的长度，默认为500bp。

--readExtension3 <bp>：设置read的3'端延伸长度，默认为0。

--readExtension5 <bp>：设置read的5'端延伸长度，默认为0。

--maxMOp <num>：设置最大的mismatches或indels数，默认为10。

需要根据实际情况进行选择和调整。