https://github.com/Zora-LM/HGAN-DTI
时间: 2023-10-04 21:12:04 浏览: 54
这是一个使用深度学习技术进行药物-靶标互作预测的项目,其中使用了基于生成对抗网络(GAN)的方法来进行数据增强和特征提取。具体来说,该项目使用了一个称为“药物-靶标互作生成器”的GAN模型,从已知的药物-靶标互作数据中生成新的样本,并将这些样本用于训练预测模型。该项目还使用了一些其他的深度学习技术,如卷积神经网络和循环神经网络,来进行特征提取和模型训练。总体来说,这个项目展示了深度学习在药物研究中的应用,并提供了一个可供参考的实现。
相关问题
如何调用https://github.com/Zora-LM/HGAN-DTI这个模型
这个模型是一个基于PyTorch的深度学习模型,用于预测药物与蛋白质之间的相互作用。如果你想使用该模型进行预测,需要按照以下步骤进行:
1. 首先,你需要下载该模型的代码和训练好的权重文件。可以通过以下命令从GitHub上进行下载:
```
git clone https://github.com/Zora-LM/HGAN-DTI.git
```
2. 接下来,你需要安装该模型的依赖项。可以通过以下命令进行安装:
```
pip install -r requirements.txt
```
3. 下载训练好的权重文件。你可以从该项目的release页面中下载预训练的权重文件,并将其保存到`./saved_models/`目录下。
4. 使用该模型进行预测。你可以使用`predict.py`文件进行预测。运行以下命令:
```
python predict.py --drug SMILES --target FASTA --model_name MODEL_NAME
```
其中,`--drug`参数指定药物的SMILES表示,`--target`参数指定蛋白质的FASTA表示,`--model_name`参数指定使用的模型。例如,如果你想使用预训练的`HGAN-DTI`模型进行预测,可以运行以下命令:
```
python predict.py --drug 'CC1=C(C=CC=C1)C(=O)NC2=CC=CC=C2' --target 'MGLSDGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRVKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAEIKPLAQSHATKHKIPVKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDMASNYKELGFQG' --model_name HGAN-DTI
```
注意,该模型的输入需要是药物的SMILES表示和蛋白质的FASTA表示。如果你没有这些表示,你需要先将药物和蛋白质转换为相应的表示。
https://github.com/Zora-LM/HGAN-DTI6如何应用
这个项目是一个基于生成对抗网络 (GAN) 的药物-靶点互作预测模型。如果你想要使用该项目,你需要按照以下步骤进行操作:
1. 准备数据:该项目需要药物和靶点的特征向量作为输入。你需要准备药物和靶点的特征向量数据集,或者自行提取药物和靶点的特征。
2. 安装依赖:你需要安装 PyTorch 和其他所需的 Python 库以运行该模型。可以通过以下命令安装:
```
pip install torch torchvision numpy pandas matplotlib seaborn scikit-learn
```
3. 训练模型:你可以使用提供的训练脚本来训练模型。在命令行中运行以下命令:
```
python train.py --data_path /path/to/data --save_path /path/to/save/model
```
其中,`--data_path` 是你准备的数据集路径,`--save_path` 是保存训练好的模型的路径。
4. 预测:你可以使用提供的预测脚本来生成预测结果。在命令行中运行以下命令:
```
python predict.py --model_path /path/to/saved/model --drug_path /path/to/drug/feature --target_path /path/to/target/feature --out_path /path/to/prediction/result
```
其中,`--model_path` 是你保存的训练好的模型路径,`--drug_path` 和 `--target_path` 是你准备的药物和靶点特征向量路径,`--out_path` 是你希望将预测结果保存的路径。
这些步骤应该可以帮助你开始使用该项目。注意,这只是一个基本的使用说明,具体的细节可能需要根据你的实际情况进行调整。