ubuntu下acpype安装
时间: 2024-10-17 19:02:52 浏览: 116
在Ubuntu系统中安装ACPYPE(Automated Protein Preparation Environment),通常用于处理PDB文件并准备分子建模,你可以按照以下步骤进行:
1. **更新包列表**:
```
sudo apt-get update
```
2. **安装依赖**:
ACPYPE需要一些基础科学计算库,如Python(建议使用Python3)和BioPython,可以通过以下命令安装:
```
sudo apt-get install python3 python3-pip
pip3 install biopython
```
3. **获取ACPYPE源码**:
ACPYPE不是官方Ubuntu软件包,通常通过GitHub或其他Git仓库下载。访问其官方网站 (https://acpype.readthedocs.io/en/latest/) 或者GitHub(https://github.com/acpyp/acpype)找到最新版本的tarball。
4. **下载并解压源码**:
```
wget https://github.com/acpyp/acpype/releases/download/vX.X.X.acpype.tar.gz # 将X.X.X替换为实际版本号
tar -zxvf vX.X.X.acpype.tar.gz
```
5. **进入目录**:
```
cd acpype-X.X.X
```
6. **安装ACPYPE**:
如果是直接从源码安装,你需要修改`setup.py`中的`install_requires`部分,然后运行`python3 setup.py install`。如果ACPYPE有提供的pip安装脚本,可以尝试运行`python3 -m pip install .`。
7. **检查安装**:
安装完成后,可以在终端中输入`acpype --version`来验证是否成功安装。
**相关问题**:
1. ACPYPE需要哪些额外的Python模块支持?
2. 如何查看已安装的ACPYPE版本?
3. Ubuntu之外的操作系统如何安装ACPYPE?
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