解释这段代码cl = makeCluster(parallel::detectCores() - 1)

这段代码的作用是创建一个并行计算集群。`makeCluster()` 函数是 `parallel` 包中的一个函数，用于创建一个并行计算集群对象。`parallel::detectCores()` 函数用于检测计算机上可用的处理器核心数量。通过将可用核心数减1，我们可以创建一个并行计算集群对象，其中包含减去一个核心后的处理器核心数量。这样可以有效地利用多个处理器核心来加速计算任务。

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解释这段代码cal_correlation<-function(interaction_tab,ex1,ex2,filter){ cat('calculating correlation\n') if (ncol(interaction_tab)==2){ cl = makeCluster(parallel::detectCores() - 1) clusterEvalQ(cl,library(ggm)) clusterEvalQ(cl,library(corpcor)) clusterEx

cute(interaction_tab,ex1,ex2,filter){
cat('calculating correlation\n')
if (ncol(interaction_tab)==2){
cl = makeCluster(parallel::detectCores() - 1)
clusterEvalQ(cl,library(ggm))
clusterEvalQ(cl,library(corpcor))
clusterExport(cl, c("interaction_tab", "ex1", "ex2", "filter"))
clusterEvalQ(cl, cal_correlation_worker <- function(interaction_tab, ex1, ex2, filter) {
library(ggm)
library(corpcor)
df <- interaction_tab[filter, ]
correlation <- cor(df[[ex1]], df[[ex2]])
return(correlation)
})
result <- parLapply(cl, 1, function(x) {
cal_correlation_worker(interaction_tab, ex1, ex2, filter)
})
stopCluster(cl)
return(unlist(result))
} else {
stop("interaction_tab should have exactly two columns")
}
}

请一行一行的解释这段代码cal_correlation<-function(interaction_tab,ex1,ex2,filter){ cat('calculating correlation\n') if (ncol(interaction_tab)==2){ cl = makeCluster(parallel::detectCores() - 1) clusterEvalQ(cl,library(ggm)) clusterEvalQ(cl,library(corpcor)) clusterExport(cl,c("ex1","ex2","interaction_tab"),envir=environment()) corr <- parSapply( cl, 1:nrow(interaction_tab), #whole number of combinations function(i) { xcor=cor(t(ex1[interaction_tab[i,1],]),t(ex2[interaction_tab[i,2],]), method = "pearson") return(xcor) } ) stopCluster(cl) res<-cbind(interaction_tab,corr) res<-res[abs(res[,3])>filter,] return(res) }else if (ncol(interaction_tab)==3){#abandoned cl = makeCluster(parallel::detectCores() - 1) clusterEvalQ(cl,library(ggm)) clusterEvalQ(cl,library(corpcor)) clusterExport(cl,c("ex1","ex2","interaction_tab"),envir=environment()) mydata1 <- parSapply( cl, 1:nrow(interaction_tab), #whole number of combinations function(i) { cox_all=matrix(nrow = 3, ncol = 1) ce1_1= as.character(interaction_tab[i,1]) ce2_1= as.character(interaction_tab[i,2]) miRNA1= as.character(interaction_tab[i,3]) s1<-cbind(t(ex2[ce1_1,]), t(ex2[ce2_1,]), t(ex1[miRNA1,])) xcor=cor(s1,method = "pearson") cox_all[1,1]=xcor[2,1] cox_all[2,1]=xcor[3,1] cox_all[3,1]=xcor[3,2] return(cox_all) } ) stopCluster(cl) scc<-data.frame(mydata1) scc<-t(scc) res<-cbind(interaction_tab,scc) colnames(res)<-c('x','y','miRNA','x_y','mi_x','mi_y') #post process of corr res<-res[res$x_y>filter,]#select triplets with |pcc|>filter res<-res[abs(res$mi_x)>filter & abs(res$mi_y)>filter & (res$mi_y)*(res$mi_x)>0,] return(res) } }

这段代码是一个名为`cal_correlation`的函数，它用于计算相关性。下面是逐行的解释：

1. `cat('calculating correlation\n')`：打印输出 "calculating correlation"。
2. `if (ncol(interaction_tab)==2)`：如果`interaction_tab`的列数等于2，则执行以下代码块。
3. `cl = makeCluster(parallel::detectCores() - 1)`：创建一个并行计算集群。
4. `clusterEvalQ(cl,library(ggm))`：在计算集群中加载`ggm`包。
5. `clusterEvalQ(cl,library(corpcor))`：在计算集群中加载`corpcor`包。
6. `clusterExport(cl,c("ex1","ex2","interaction_tab"),envir=environment())`：将变量`ex1`、`ex2`和`interaction_tab`导出到计算集群中。
7. `corr <- parSapply(cl, 1:nrow(interaction_tab), function(i) { ... })`：使用并行计算，对`interaction_tab`的每一行执行以下代码块，并返回一个包含相关系数的向量。
8. `stopCluster(cl)`：停止计算集群。
9. `res<-cbind(interaction_tab,corr)`：将`interaction_tab`和相关系数合并为一个结果矩阵。
10. `res<-res[abs(res[,3])>filter,]`：从结果矩阵中筛选出绝对值大于给定阈值`filter`的行。
11. `return(res)`：返回筛选后的结果矩阵。

如果`interaction_tab`的列数不等于2，则执行`else if (ncol(interaction_tab)==3)`块。该块的代码是被注释掉的，即被废弃的部分，不会被执行。