ggtree 画进化树
时间: 2023-09-05 13:08:21 浏览: 62
ggtree是一个简单易用的R包,用于画进化树。与其他画树软件不同的是,ggtree将进化树的节点映射到坐标系统中,而线条则在geom_tree图层中计算并画出来。这使得ggtree能够通过图层加注释信息的方式,简单而灵活地展示进化树。你可以使用以下代码来画出进化树:
```R
setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\tree")
library("ggtree")
library("ggplot2")
tree <- read.tree("species.tree")
ggtree(tree,layout = "circular")
```
通过这样一行代码,你就可以实现树的可视化,并且可以通过添加图层来进行注释,实现复杂的注释结构。
相关问题
ggtree更改进化树的旋转方向
ggtree是一个用于绘制进化树的R语言包,它提供了许多灵活的功能来自定义和更改进化树的外观和显示方式。在ggtree中,改变进化树的旋转方向可以通过修改节点的旋转角度来实现。
要更改进化树的旋转方向,可以使用ggtree中的rotate函数。rotate函数允许我们对进化树中的节点应用旋转角度。旋转角度可以是正的或负的,通过指定角度的大小和方向,我们可以将进化树在水平或垂直方向上进行旋转。
以水平方向旋转进化树为例,我们可以使用如下的R代码:
```R
library(ggtree)
# 读取进化树文件
tree <- read.tree("tree.nwk")
# 将进化树进行水平旋转
rotated_tree <- ggtree(tree) + geom_tree() +
theme_tree2() + theme(legend.position = "none") +
rotate(90) # 将进化树水平旋转90度
# 绘制旋转后的进化树
plot(rotated_tree)
```
上述代码中,我们首先读取进化树文件并保存在tree对象中。然后,我们使用ggtree函数创建一个基本的进化树对象,并通过geom_tree()和theme_tree2()来设置进化树的绘制样式。接下来,我们使用rotate函数将进化树进行水平旋转,将旋转角度设为90度。最后,通过调用plot函数绘制旋转后的进化树。
通过调整rotate函数中的旋转角度,我们可以自由地改变进化树的旋转方向和角度,以满足我们的需求。
画进化树的软件都有哪些
目前常用于画进化树的软件有很多,以下是一些常见的软件:
1. MEGA:MEGA是一款功能强大的生物信息学软件,可以用来进行分子进化分析和构建进化树。
2. PAUP:PAUP是一款专业的系统发育分析软件,可以进行多种分子和形态数据的进化分析和进化树构建。
3. PhyloSuite:PhyloSuite是一款集成了多种生物信息学工具的软件,其中包括进化树构建模块。
4. MrBayes:MrBayes是一款基于贝叶斯方法的进化树构建软件,可以用来进行基于分子序列的系统发育分析。
5. BEAST:BEAST是一款基于贝叶斯方法的进化树构建软件,可以用来进行分子钟分析和系统发育分析。
需要注意的是,不同的软件有着不同的适用场景和使用难度,选择合适的软件需要根据具体的研究需求和个人技术水平进行考虑。