biomaRt用这个包

`biomaRt`是一个强大的生物信息学R包，它允许用户通过程序化的方式访问和操作多种生物数据库，如ENSEMBL、UCSC基因组浏览器等。它提供了一个统一的接口，让你可以方便地获取基因、蛋白质、变异、实验等等的相关信息，并且支持多种数据库的比较。

例如，你可以使用`biomaRt`来：

1. 查询特定物种的基因信息，包括Ensembl ID、基因符号、染色体位置等。
2. 获取基因的功能描述、同义名、编码产物等详细特性。
3. 比较不同物种间基因的位置或者功能相似性。
4. 下载和分析基因表达数据、序列比对结果等数据库内的实验数据。

以下是使用`biomaRt`的基本步骤示例：

library(biomaRt)
# 配置连接到ENSEMBL
ensembl_mart <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")

# 获取指定Ensembl ID的基因名称
ensembl_id <- "ENSG00000123456"
gene_info <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name"), filters = "ensembl_gene_id", values = ensembl_id, mart = ensembl_mart)
gene_name <- gene_info$external_gene_name[[1]]

# 或者检索特定基因的所有转录本
transcripts <- getBM(attributes = c("ensembl_transcript_id", "gene_biotype"), filters = "ensembl_gene_id", values = ensembl_id, mart = ensembl_mart)