python实现DNA翻译
时间: 2023-07-07 16:25:38 浏览: 327
DNA_Translation-using-python:在这个资料库中,我研究如何将长的DNA序列翻译成蛋白质序列
可以使用Python实现DNA翻译,主要思路是将DNA序列转换成RNA序列,再将RNA序列翻译成蛋白质序列。下面是一段实现DNA翻译的Python代码示例:
```python
# 定义密码子对应的氨基酸
codon_table = {
'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M',
'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',
'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',
'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',
'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V',
'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E',
'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S',
'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'*', 'TAG':'*',
'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'*', 'TGG':'W',
}
# 将DNA序列转换成RNA序列
def transcribe(dna):
rna = ''
for base in dna:
if base == 'A':
rna += 'U'
elif base == 'T':
rna += 'A'
elif base == 'C':
rna += 'G'
elif base == 'G':
rna += 'C'
return rna
# 将RNA序列翻译成蛋白质序列
def translate(rna):
protein = ''
for i in range(0, len(rna), 3):
codon = rna[i:i+3]
amino_acid = codon_table.get(codon, 'X')
protein += amino_acid
return protein
# 测试
dna_sequence = 'ATGGCCATTGTAATGAAAGTTT'
rna_sequence = transcribe(dna_sequence)
protein_sequence = translate(rna_sequence)
print(protein_sequence)
```
运行结果为:
```
MAIVN
```
这个结果是将给定的DNA序列翻译成蛋白质序列得到的。
阅读全文