R语言的支持向量机实现在二分类基因表达谱数据中筛选关键基因的代码和具体的数据表格格式
时间: 2024-02-22 14:01:50 浏览: 153
好的,以下是一份示例数据和相应的 R 代码,用于在二分类基因表达谱数据中筛选关键基因:
数据表格格式:
| Gene | Sample1 | Sample2 | Sample3 | Sample4 | Sample5 | Sample6 | Sample7 | Sample8 | Sample9 | Sample10 | Class |
|-------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|----------|--------|
| Gene1 | 3.56 | 4.18 | 2.78 | 2.91 | 3.15 | 3.97 | 3.29 | 3.54 | 2.84 | 3.01 | 0 |
| Gene2 | 3.21 | 3.87 | 3.01 | 2.81 | 2.95 | 3.54 | 3.27 | 3.15 | 2.93 | 2.89 | 0 |
| Gene3 | 4.03 | 4.19 | 3.83 | 3.98 | 4.09 | 4.16 | 4.12 | 4.02 | 4.01 | 4.18 | 1 |
| Gene4 | 2.83 | 3.09 | 2.92 | 2.77 | 2.99 | 3.01 | 2.89 | 2.91 | 3.02 | 3.11 | 0 |
| Gene5 | 4.18 | 4.05 | 3.78 | 3.93 | 4.08 | 4.01 | 4.14 | 4.03 | 4.06 | 4.10 | 1 |
其中,Gene 列是基因名称,Sample1-Sample10 列是基因表达值,Class 列是样本类别(0 或 1)。
以下是相应的 R 代码:
```R
# 导入所需库
library(e1071)
# 导入数据
data <- read.csv("data.csv")
# 划分训练集和测试集
set.seed(123)
trainIndex <- createDataPartition(data$Class, p=0.7, list=FALSE)
trainData <- data[trainIndex,]
testData <- data[-trainIndex,]
# SVM 模型训练
svm_model <- svm(Class ~ ., data = trainData, kernel = "linear", cost = 1)
# SVM 模型预测
y_predict <- predict(svm_model, testData[,-ncol(testData)])
# 模型评估
table(testData$Class, y_predict)
```
这段代码使用了 SVM 模型对示例数据进行了二分类,其中使用 `read.csv` 函数导入了数据,使用 `createDataPartition` 函数划分了训练集和测试集。使用 `svm` 函数训练了一个线性 SVM 模型,使用 `predict` 函数预测了测试集的标签,最后使用 `table` 函数对预测结果进行了评估。在实际应用中,你可以根据具体的数据集和问题进行调整和优化。
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