[E::hts_idx_push] Chromosome blocks not continuous
时间: 2024-03-11 19:50:34 浏览: 37
这个错误通常是由于在生成BAM或VCF文件的索引文件时,索引文件的排序顺序与原始文件不匹配导致的。为了解决这个问题,你可以按照以下步骤进行操作:
1. 确认你的原始文件和索引文件是否是匹配的。你可以使用以下命令确认:
```
samtools view -H your_file.bam | grep '^@SQ' | cut -f 2 | sed 's/SN://' | sort | uniq
```
这将列出原始文件中存在的所有染色体名称。然后,使用以下命令检查索引文件中的染色体名称:
```
bcftools index -s your_file.vcf.gz
```
确认两个列表是否完全匹配。
2. 如果你的原始文件和索引文件不匹配,你需要重新生成索引文件。你可以使用以下命令重新生成:
```
samtools index your_file.bam
```
或者
```
bcftools index your_file.vcf.gz
```
然后再次确认两个文件的染色体名称是否匹配。
3. 如果你的文件已经正确排序并且你已经重新生成了索引文件,但仍然出现此错误,请检查你的文件是否存在连续的染色体块。你可以使用以下命令检查:
```
samtools view -H your_file.bam | grep '^@SQ' | cut -f 3 | sed 's/LN://' | awk '{sum+=$1} END {print sum}'
```
这将列出原始文件中所有染色体的长度总和。然后,使用以下命令检查索引文件中的染色体块长度:
```
bcftools index -s your_file.vcf.gz
```
如果你的文件存在间隔或断裂的染色体块,请尝试重新生成文件或使用其他工具来修复文件。