pymatgen将json文件转化为多个cif
时间: 2024-03-21 09:44:31 浏览: 496
您可以使用 pymatgen 库来将 json 文件转化为多个 cif 文件。请按照以下步骤进行:
- 安装 pymatgen 库,可以使用 pip install pymatgen 命令进行安装;
- 读取 json 文件,可以使用 Python 内置的 json 库来读取;
- 遍历 json 中的每个结构,将结构和晶胞信息提取出来,然后使用 pymatgen 中的 Structure 类创建一个结构对象;
- 将结构对象保存为 cif 文件,可以使用 to(fmt='cif') 方法进行保存。
以下是示例代码:
import json
from pymatgen.core.structure import Structure
with open('structures.json', 'r') as f:
data = json.load(f)
for i, structure_data in enumerate(data):
# 提取结构和晶胞信息
lattice_matrix = structure_data['lattice']['matrix']
species = [site['species'][0]['element'] for site in structure_data['sites']]
coordinates = [site['xyz'] for site in structure_data['sites']]
# 创建结构对象
structure = Structure(lattice_matrix, species, coordinates)
# 保存 cif 文件
filename = f'structure_{i}.cif'
structure.to(filename=filename, fmt='cif')
执行完上述代码后,将会在当前目录下生成多个名为 structure_{i}.cif 的 cif 文件,其中 i 表示第 i 个结构。
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