ase.calculators.fingerprint ASE有这个模块吗

时间: 2024-03-04 17:50:07 浏览: 161
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DFT的matlab源代码-jasp:ase.calculators.vasp的python增强

是的，ASE（Atomic Simulation Environment）有一个名为`fingerprint`的模块，它用于计算结构指纹（Structure Fingerprint），可以用于材料科学和化学等领域的研究。该模块提供了多种不同的指纹方法，包括局部环境指纹（Local Environment Fingerprints）、广义相对论指纹（Generalized Gradient Approximation Fingerprints）和哈希指纹（Hashed Fingerprints）等。您可以通过ASE文档了解更多关于`fingerprint`模块的信息。
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ase.calculators.fingerprint ASE这个模块在哪里下载，如何安装

from ase.calculators.fingerprint import Fingerprint 如果您使用的是anaconda环境，可以使用以下命令进行安装： conda install -c conda-forge ase 此外，ASE库的源代码也可以从官方网站...

ase.calculators.fingerprint ASE软件最新版本是多少

目前，ASE软件的最新版本是3.21.1，该版本于2021年7月26日发布。您可以通过pip命令进行更新： pip install --upgrade ase 或者使用以下命令进行安装： pip install ase==3.21.1 另外，您...

Traceback (most recent call last): File "try.py", line 3, in <module> from ase.calculators.elastic.elastic import ElasticModel ModuleNotFoundError: No module named 'ase.calculators.elastic'

具体来说，你所使用的代码需要 ase 包中的 elastic 模块，但是你的环境中没有安装这个模块。 你可以通过以下命令来安装 ase 包： pip install ase 如果你已经安装了 ase 包，但是还是无法找到 elastic ...

ModuleNotFoundError: No module named 'ase.calculators.xrd'

from ase.io import read from ase.geometry.analysis import Analysis from ase.geometry.cell import cell_to_cellpar # 读取晶体结构文件 structure = read('POSCAR', format='vasp') # 分析晶格参数 a, b, c, ...

raise calculator.CalculatorSetupError(msg) ase.calculators.calculator.CalculatorSetupError: Please set either command in calculator or one of the following environment variables (prioritized as follows): ASE_VASP_COMMAND, VASP_COMMAND, VASP_SCRIPT

from ase.calculators.vasp import Vasp # 读取POSCAR文件 atoms = read('POSCAR') # 定义VASP计算器 calc = Vasp(encut=400, kpts=(4, 4, 4), xc='PBE', ispin=2, magmom=[5.0, -5.0]) # 将计算器分配给Atoms...

NotImplementedError: No EMT-potential for Fe，from ase import io from ase.calculators.emt import EMT from ase.optimize import BFGS # 读取分子文件 m1 = io.read("POSCAR1") m2 = io.read("POSCAR2") # 重新确定原子之间的连接方式 m1.set_calculator(EMT()) m2.set_calculator(EMT()) optimizer = BFGS(m1) optimizer.run(fmax=0.01) optimizer = BFGS(m2) optimizer.run(fmax=0.01) # 检查分子之间的差异性 if not m1.compare(m2): # 如果分子之间存在差异性，则修正分子的连接方式 m1.fix_bonds(m2.get_bonds()) # 计算 RMSD 值 rmsd = m1.get_rmsd(m2) print(rmsd)

from ase.calculators.lennardjones import LennardJones from ase.optimize import BFGS # 读取分子文件 m1 = io.read("POSCAR1") m2 = io.read("POSCAR2") # 重新确定原子之间的连接方式 lj_calculator = ...

修改代码错误Traceback (most recent call last): File "atom-position.py", line 14, in <module> rmsd = structure1.get_rmsd(structure2) AttributeError: 'Atoms' object has no attribute 'get_rmsd'。代码如下：from ase.io import read from ase import Atoms from ase.build import molecule from ase.visualize import view from ase.cluster import Cluster from ase.cluster.icosahedron import Icosahedron from ase.cluster.wulff import wulff_construction # 读取两个POSCAR文件 structure1 = read('POSCAR1') structure2 = read('POSCAR2') # 计算两个结构之间的相似性 rmsd = structure1.get_rmsd(structure2) print('两个结构的RMSD为{}'.format(rmsd))

如果想计算两个 Atoms 对象之间的 RMSD，可以使用 ase.superpositions 模块中的 rmsd() 函数。 修改代码如下： python from ase.io import read from ase import Atoms from ase.build import molecule from ...

Traceback (most recent call last): File "ADF.py", line 18, in <module> atoms.set_calculator(SinglePointCalculator(atoms, energy=0, forces=np.zeros((len(atoms), 3)), stress=np.zeros(6), neighborlist=nl)) File "/export/home/anliying/.local/lib/python3.8/site-packages/ase-3.22.1-py3.8.egg/ase/calculators/singlepoint.py", line 22, in init assert property in all_properties AssertionError。import numpy as np from ase.io import read from ase.build import make_supercell from ase.visualize import view from ase.neighborlist import NeighborList from ase.calculators.singlepoint import SinglePointCalculator # 读入三个POSCAR文件，计算原子分布函数 structures = [] for file in ['structure1.cif', 'structure2.cif', 'structure3.cif']: atoms = read(file) # 构造超胞，避免周期性边界对ADF计算的影响 atoms = make_supercell(atoms, [[2, 0, 0], [0, 2, 0], [0, 0, 2]]) # 计算邻居列表 nl = NeighborList([1.2] * len(atoms), self_interaction=False) nl.update(atoms) # 将邻居列表传递给SinglePointCalculator atoms.set_calculator(SinglePointCalculator(atoms, energy=0, forces=np.zeros((len(atoms), 3)), stress=np.zeros(6), neighborlist=nl)) # 计算原子分布函数 adf = atoms.get_atomic_distribution_function() structures.append(adf) # 将ADF转化为特征矩阵 bins = np.linspace(0, 10, num=100) # 分100个bin adf_hists = [np.histogram(adf, bins=bins)[0] for adf in structures] feature_matrix = np.array(adf_hists) / [len(atoms) for atoms in structures] # 归一化特征矩阵 feature_matrix = feature_matrix / np.linalg.norm(feature_matrix, axis=1, keepdims=True)，基于错误改代码

It seems that the error occurs because the property argument is not recognized by the SinglePointCalculator constructor. To fix this error, you can replace the property argument with ...
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