target = target[0] seg_pred = torch.argmax(y_hat[:, 1:], dim=1) seg_acc = (seg_pred == target[:, 1]).float().mean()是什么意思

时间: 2024-04-15 12:24:09 浏览: 112
这段代码计算了分割预测的准确率(segmentation accuracy)。 首先,将目标数据`target`中的第一个层级提取出来,赋值给`target`变量。 然后,使用`torch.argmax`函数获取预测结果`y_hat`中除第一列以外的最大值所在的索引,即分割预测结果,赋值给`seg_pred`变量。 接下来,通过比较分割预测结果`seg_pred`与目标数据`target`中除第一列的对应值是否相等,得到一个布尔型张量。将布尔型张量转换为float类型,并计算其中非零值的平均值,得到准确率。 最后,将准确率值赋值给`seg_acc`变量。 这段代码用于评估分割预测的准确率,并将结果保存在`seg_acc`变量中。
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def __init__(self, mean: Sequence[Number] = None, std: Sequence[Number] = None, pad_size_divisor: int = 1, pad_value: Union[float, int] = 0, pad_mask: bool = False, mask_pad_value: int = 0, pad_seg: bool = False, seg_pad_value: int = 255, bgr_to_rgb: bool = False, rgb_to_bgr: bool = False, boxtype2tensor: bool = True, non_blocking: Optional[bool] = False, batch_augments: Optional[List[dict]] = None): super().__init__( mean=mean, std=std, pad_size_divisor=pad_size_divisor, pad_value=pad_value, bgr_to_rgb=bgr_to_rgb, rgb_to_bgr=rgb_to_bgr, non_blocking=non_blocking) if batch_augments is not None: self.batch_augments = nn.ModuleList( [MODELS.build(aug) for aug in batch_augments]) else: self.batch_augments = None self.pad_mask = pad_mask self.mask_pad_value = mask_pad_value self.pad_seg = pad_seg self.seg_pad_value = seg_pad_value self.boxtype2tensor = boxtype2tensor什么意思

这段代码是一个数据预处理器(DataPreprocessor)类的初始化方法(__init__),用于创建数据预处理器的实例。下面是对各个参数的解释: - mean: 均值(mean)是一个数值序列,用于对图像进行均值减法。默认为 None。 - std: 标准差(std)是一个数值序列,用于对图像进行标准化处理。默认为 None。 - pad_size_divisor: pad_size_divisor 是一个整数,指定图像的尺寸除以该数的余数为 0,以便进行图像填充。默认为 1。 - pad_value: pad_value 是一个浮点数或整数,用于指定填充图像的像素值。默认为 0。 - pad_mask: pad_mask 是一个布尔值,指示是否对掩膜(mask)进行填充。默认为 False。 - mask_pad_value: mask_pad_value 是一个整数,用于指定填充掩膜的像素值。默认为 0。 - pad_seg: pad_seg 是一个布尔值,指示是否对分割图(segmentation)进行填充。默认为 False。 - seg_pad_value: seg_pad_value 是一个整数,用于指定填充分割图的像素值。默认为 255。 - bgr_to_rgb: bgr_to_rgb 是一个布尔值,指示是否将图像从 BGR 通道顺序转换为 RGB 通道顺序。默认为 False。 - rgb_to_bgr: rgb_to_bgr 是一个布尔值,指示是否将图像从 RGB 通道顺序转换为 BGR 通道顺序。默认为 False。 - boxtype2tensor: boxtype2tensor 是一个布尔值,指示是否将边界框的类型转换为张量。默认为 True。 - non_blocking: non_blocking 是一个可选的布尔值,指示是否以非阻塞方式加载数据。默认为 False。 - batch_augments: batch_augments 是一个可选的字典列表,用于定义批量增强操作。默认为 None。 在初始化方法中,首先调用父类的初始化方法(super().__init__)来设置均值、标准差、填充相关的参数和通道顺序转换的参数。然后根据传入的 batch_augments 参数,构建批量增强操作的模块列表,并将其保存到 self.batch_augments 属性中。最后,根据传入的参数设置是否进行掩膜和分割图的填充,以及是否将边界框类型转换为张量。 总之,这个初始化方法用于创建数据预处理器的实例,并设置相应的参数和属性,以便在数据预处理过程中进行图像的均值减法、标准化、填充、通道转换等操作,并支持批量增强和边界框类型转换。

解释代码ct_path = './volume-0.nii' seg_path = './segmentation-0.nii' ct_array = sitk.GetArrayFromImage(sitk.ReadImage(ct_path)) seg_array = sitk.GetArrayFromImage(sitk.ReadImage(seg_path)) seg_bg = seg_array == 0 seg_liver = seg_array >= 1 seg_tumor = seg_array == 2

这段代码的作用是读取两个医学图像文件,一个是ct图像文件(volumne-0.nii),另一个是分割图像文件(segmentation-0.nii)。然后将读取到的ct图像和分割图像转换为numpy数组(ct_array和seg_array),便于后续的图像处理和分析。接着,将分割图像分为三个部分:背景(seg_bg)、肝脏(seg_liver)和肝癌(seg_tumor),这些部分的像素值分别用0、1和2表示。
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此代码import os import numpy as np import nibabel as nib import imageio from PIL import Image def read_niifile(niifilepath): # 读取niifile文件 img = nib.load(niifilepath) # 提取niifile文件 img_fdata = img.get_fdata(dtype='float32') return img_fdata def save_fig(niifilepath, savepath, num, name): # 保存为图片 name = name.split('-')[1] filepath_seg = niifilepath + "segmentation\\" + "segmentation-" + name filepath_vol = niifilepath + "volume\\" + "volume-" + name savepath_seg = savepath + "segmentation\\" savepath_vol = savepath + "volume\\" if not os.path.exists(savepath_seg): os.makedirs(savepath_seg) if not os.path.exists(savepath_vol): os.makedirs(savepath_vol) fdata_vol = read_niifile(filepath_vol) fdata_seg = read_niifile(filepath_seg) (x, y, z) = fdata_seg.shape total = x * y for k in range(z): silce_seg = fdata_seg[:, :, k] if silce_seg.max() == 0: continue else: silce_seg = (silce_seg - silce_seg.min()) / (silce_seg.max() - silce_seg.min()) * 255 silce_seg = np.uint8(Image.fromarray(silce_seg).convert('L')) silce_seg = cv2.threshold(silce_seg, 1, 255, cv2.THRESH_BINARY)[1] if (np.sum(silce_seg == 255) / total) > 0.015: silce_vol = fdata_vol[:, :, k] silce_vol = (silce_vol - silce_vol.min()) / (silce_vol.max() - silce_vol.min()) * 255 silce_vol = np.uint8(Image.fromarray(silce_vol).convert('L')) imageio.imwrite(os.path.join(savepath_seg, '{}.png'.format(num)), silce_seg) imageio.imwrite(os.path.join(savepath_vol, '{}.png'.format(num)), silce_vol) num += 1 return num if __name__ == '__main__': path = 'C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017' savepath = 'C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017' filenames = os.listdir(path + "segmentation") num = 0 for filename in filenames: num = save_fig(path, savepath, num, filename)出现SyntaxError: (unicode error) 'unicodeescape' codec can't decode bytes in position 2-3: truncated \UXXXXXXXX escape,请修改它,给出完整代码

替换掉import cv2,将代码import os import numpy as np import nibabel as nib import imageio import cv2 def read_niifile(niifilepath): # 读取niifile文件 img = nib.load(niifilepath) # 提取niifile文件 img_fdata = img.get_fdata(dtype='float32') return img_fdata def save_fig(niifilepath, savepath, num, name): # 保存为图片 name = name.split('-')[1] filepath_seg = niifilepath + "segmentation\\" + "segmentation-" + name filepath_vol = niifilepath + "volume\\" + "volume-" +name savepath_seg = savepath + "segmentation\\" savepath_vol = savepath + "volume\\" if not os.path.exists(savepath_seg): os.makedirs(savepath_seg) if not os.path.exists(savepath_vol): os.makedirs(savepath_vol) fdata_vol = read_niifile(filepath_vol) fdata_seg = read_niifile(filepath_seg) (x, y, z) = fdata_seg.shape total = x * y for k in range(z): silce_seg = fdata_seg[:, :, k] # 三个位置表示三个不同角度的切片 if silce_seg.max() == 0: continue else: silce_seg = (silce_seg-silce_seg.min())/(silce_seg.max() - silce_seg.min())*255 silce_seg = cv2.threshold(silce_seg, 1, 255, cv2.THRESH_BINARY)[1] if (np.sum(silce_seg == 255) / total) > 0.015: silce_vol = fdata_vol[:, :, k] silce_vol = (silce_vol - silce_vol.min()) / (silce_vol.max() - silce_vol.min()) * 255 imageio.imwrite(os.path.join(savepath_seg, '{}.png'.format(num)), silce_seg) imageio.imwrite(os.path.join(savepath_vol, '{}.png'.format(num)), silce_vol) num += 1 # 将切片信息保存为png格式 return num if __name__ == '__main__': path= 'E:\\dataset\\LiTS17\\' savepath = 'E:\\dataset\\LiTS17\\2d\\' filenames = os.listdir(path + "segmentation") num = 0 for filename in filenames: num = save_fig(path, savepath, num, filename)改成有相同作用的代码

import os import numpy as np import nibabel as nib import imageio import cv2 def read_niifile(niifilepath): # 读取niifile文件 img = nib.load(niifilepath) # 提取niifile文件 img_fdata = img.get_fdata(dtype='float32') return img_fdata def save_fig(niifilepath, savepath, num, name): # 保存为图片 name = name.split('-')[1] filepath_seg = niifilepath + "segmentation\\" + "segmentation-" + name filepath_vol = niifilepath + "volume\\" + "volume-" + name savepath_seg = savepath + "segmentation\\" savepath_vol = savepath + "volume\\" if not os.path.exists(savepath_seg): os.makedirs(savepath_seg) if not os.path.exists(savepath_vol): os.makedirs(savepath_vol) fdata_vol = read_niifile(filepath_vol) fdata_seg = read_niifile(filepath_seg) (x, y, z) = fdata_seg.shape total = x * y for k in range(z): silce_seg = fdata_seg[:, :, k] # 三个位置表示三个不同角度的切片 if silce_seg.max() == 0: continue else: silce_seg = (silce_seg - silce_seg.min()) / (silce_seg.max() - silce_seg.min()) * 255 silce_seg = cv2.threshold(silce_seg, 1, 255, cv2.THRESH_BINARY)[1] if (np.sum(silce_seg == 255) / total) > 0.015: silce_vol = fdata_vol[:, :, k] silce_vol = (silce_vol - silce_vol.min()) / (silce_vol.max() - silce_vol.min()) * 255 imageio.imwrite(os.path.join(savepath_seg, '{}.png'.format(num)), silce_seg) imageio.imwrite(os.path.join(savepath_vol, '{}.png'.format(num)), silce_vol) num += 1 # 将切片信息保存为png格式 return num if __name__ == '__main__': path = r"C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017" savepath = r"C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017" filenames = os.listdir(path + "segmentation") num = 0 for filename in filenames: num = save_fig(path, savepath, num, filename)替换掉代码中的cv2模块,实现相同功能

import os import numpy as np import nibabel as nib import imageio import cv2 def read_niifile(niifilepath): # 读取niifile文件 img = nib.load(niifilepath) # 提取niifile文件 img_fdata = img.get_fdata(dtype='float32') return img_fdata def save_fig(niifilepath, savepath, num, name): # 保存为图片 name = name.split('-')[1] filepath_seg = niifilepath + "segmentation" + "segmentation-" + name filepath_vol = niifilepath + "volume" + "volume-" + name savepath_seg = savepath + "segmentation" savepath_vol = savepath + "volume" if not os.path.exists(savepath_seg): os.makedirs(savepath_seg) if not os.path.exists(savepath_vol): os.makedirs(savepath_vol) fdata_vol = read_niifile(filepath_vol) fdata_seg = read_niifile(filepath_seg) (x, y, z) = fdata_seg.shape total = x * y for k in range(z): silce_seg = fdata_seg[:, :, k] # 三个位置表示三个不同角度的切片 if silce_seg.max() == 0: continue else: silce_seg = (silce_seg - silce_seg.min()) / (silce_seg.max() - silce_seg.min()) * 255 silce_seg = cv2.threshold(silce_seg, 1, 255, cv2.THRESH_BINARY)[1] if (np.sum(silce_seg == 255) / total) > 0.015: silce_vol = fdata_vol[:, :, k] silce_vol = (silce_vol - silce_vol.min()) / (silce_vol.max() - silce_vol.min()) * 255 imageio.imwrite(os.path.join(savepath_seg, '{}.png'.format(num)), silce_seg) imageio.imwrite(os.path.join(savepath_vol, '{}.png'.format(num)), silce_vol) num += 1 # 将切片信息保存为png格式 return num if name == 'main': path = r"C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017" savepath = r"C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017" filenames = os.listdir(path + "segmentation") num = 0 for filename in filenames: num = save_fig(path, savepath, num, filename) 将代码中的 使用cv2模块的代码替换掉,给出一整段完整代码,实现相同功能

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