FSL中的fslmaths命令和-mas选项,将配准结果图像中Brainnetome图谱中的每个脑区提取到单独的文件中
时间: 2023-12-06 17:45:34 浏览: 40
FSL中的fslmaths命令是一个非常强大的命令,可以用于数学运算、图像处理、配准等多种操作。其中,-mas选项可以用于将一个二值掩模应用到一个输入图像上,只保留掩模内的像素值,并将其它像素值设置为0。
如果要将Brainnetome图谱中的每个脑区提取到单独的文件中,可以按照以下步骤进行操作:
1. 下载Brainnetome图谱,并用fslmaths将其转换为二值掩模,例如:
```bash
fslmaths BN_Atlas_246_1mm.nii.gz -thr 0.5 -bin BN_Atlas_246_1mm_mask.nii.gz
```
2. 将需要提取的配准结果图像与掩模相乘,例如:
```bash
fslmaths input_image.nii.gz -mas BN_Atlas_246_1mm_mask.nii.gz output_image.nii.gz
```
这样,输出的output_image.nii.gz中只包含掩模内的像素值,其它像素值都被设置为0。
3. 将每个脑区分别提取出来,可以使用fslsplit命令,例如:
```bash
fslsplit output_image.nii.gz output_image_
```
这样,输出的文件名为output_image_0000.nii.gz、output_image_0001.nii.gz、output_image_0002.nii.gz,依次对应于掩模中的每个脑区。
如果需要将每个脑区保存到单独的文件中,可以使用类似以下的命令:
```bash
fslroi output_image.nii.gz output_image_0000.nii.gz 0 0 0 0 0 0 1 1
```
这样,输出的文件output_image_0000.nii.gz只包含掩模中的第一个脑区。将最后两个数字改为掩模中其它脑区的索引即可提取其它脑区。