已有配准生成的nii,gz全脑纤维文件,mrcalc提取已知编号为175的脑区生成单独文件
时间: 2023-08-19 08:08:35 浏览: 46
可以使用 FSL 工具箱中的 `fslmaths` 命令和 `mrcalc` 命令来提取指定编号的脑区。
假设你的全脑纤维文件为 `full_brain_fiber.nii.gz`,编号为175的脑区为 `175_mask.nii.gz`,提取后的单独文件为 `175_fiber.nii.gz`,则可以按照以下步骤进行操作:
1. 使用 `fslmaths` 命令将全脑纤维文件和脑区文件相乘,得到编号为175的纤维部分:
```
fslmaths full_brain_fiber.nii.gz -mul 175_mask.nii.gz 175_fiber.nii.gz
```
2. 如果需要将编号为175的纤维部分与其他脑区相加,可以使用 `mrcalc` 命令。假设你已经提取了编号为200的纤维部分,文件名为 `200_fiber.nii.gz`,则可以按照以下命令进行操作:
```
mrcalc 175_fiber.nii.gz 200_fiber.nii.gz -add output_fiber.nii.gz
```
其中 `-add` 表示将两个文件相加,`output_fiber.nii.gz` 表示输出文件名。
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已有配准生成的nii,gz全脑纤维文件,mrcalc提取编号为175的脑区生成单独文件
假设你的全脑纤维文件名为 `brain_fiber.nii.gz`,可以使用以下命令提取编号为 175 的脑区生成单独的文件:
```
mrcalc brain_fiber.nii.gz 175 -eq brain_175.nii.gz
```
其中,`mrcalc` 是 MRtrix3 中的一个命令,用于对图像进行数学运算。`-eq` 表示等于号,表示将编号等于 175 的脑区提取出来。`brain_175.nii.gz` 是输出文件的名称,你可以根据需要修改。
mrcalc指令从配准生成的nii.gz文件中提取编号为175的脑区
要使用mrcalc指令从配准生成的nii.gz文件中提取编号为175的脑区,您需要进行以下操作:
1. 使用FSL(FMRIB Software Library)软件包中的命令fslhd查看nii.gz文件的头文件信息,确定数据的维度、分辨率和方向等参数。
2. 使用FSL中的命令fslmaths对nii.gz文件进行处理。假设nii.gz文件名为“input.nii.gz”,则命令如下:
```
fslmaths input.nii.gz -thr 174.5 -uthr 175.5 -bin output.nii.gz
```
其中,-thr参数指定下阈值,-uthr参数指定上阈值,这里将脑区175的值设为阈值范围,-bin参数将结果二值化。
3. 最后,使用FSL中的命令fslview查看提取出的脑区。
```
fslview output.nii.gz
```
注意:在使用FSL命令前,需要先加载FSL环境变量。