构建De Bruijn图代码实现

以下是一个构建De Bruijn图的Python代码实现：

from collections import defaultdict

def build_de_bruijn_graph(k, reads):
    # 初始化De Bruijn图
    graph = defaultdict(list)

    # 构建kmer列表
    kmers = []
    for read in reads:
        for i in range(len(read) - k + 1):
            kmers.append(read[i:i+k])

    # 构建De Bruijn图
    for kmer in kmers:
        prefix = kmer[:-1]
        suffix = kmer[1:]
        graph[prefix].append(suffix)

    return graph

其中，参数k表示kmer的长度，参数reads是一个字符串列表，表示DNA序列。函数返回一个包含De Bruijn图信息的字典，其中字典的键为起始节点，对应的值为以该节点为起始节点的所有终止节点。