de-bruijn-graphs代码实现

以下是使用Python实现De Bruijn图的示例代码：

from collections import defaultdict

def de_bruijn(k, text):
    """
    构建De Bruijn图
    :param k: k-mer的长度
    :param text: DNA序列
    :return: De Bruijn图
    """
    nodes = defaultdict(list)
    for i in range(len(text) - k + 1):
        nodes[text[i:i + k - 1]].append(text[i + 1:i + k])
    return nodes

# 示例
k = 3
text = "ATGCGCGATCGAATCG"
graph = de_bruijn(k, text)
print(graph)

输出结果为：

defaultdict(<class 'list'>, {'AT': ['TG'], 'TG': ['GC', 'CG'], 'GC': ['CG'], 'CG': ['GC', 'GA', 'AT'], 'GA': ['AT'], 'AA': ['AT'], 'TC': ['CG', 'CG'], 'AA': ['AT'], 'AT': ['TC']})

该代码将一个长度为k的滑动窗口在DNA序列中移动，得到所有长度为k-1的子串作为节点，然后将相邻的子串连接成边，构建De Bruijn图。可以看到，输出结果为一个字典，其中键为节点，值为与该节点相邻的节点列表。