de-bruijn-graphs

De Bruijn图（De Bruijn graph）是一个有向图，用于表示DNA或RNA序列的重叠，也被广泛用于字符串处理和基因组学中。它可以用来解决基因组序列拼接（genome sequence assembly）问题，即将一组碎片化的DNA序列拼接成完整的基因组序列。在De Bruijn图中，每个节点代表一个k-mer（长度为k的序列），每个边表示两个k-mer之间的重叠。通过构建De Bruijn图，可以识别出DNA序列中不重复的k-mers，并将它们组合成完整的序列。这种方法被称为k-mer拼接（k-mer assembly），是基因组序列拼接的一种重要方法。