illumina二代测序原理

Illumina二代测序原理是通过将DNA样本片段固定在流动细胞上，并在其中进行扩增和测序。具体步骤如下：
1. 文库制备：将DNA样本片段添加到适当的适配器上，形成DNA文库。
2. 文库扩增：将文库中的DNA片段固定在流动细胞上，并进行PCR扩增，使每个片段形成成千上万个拷贝。
3. 流式细胞：流动细胞包含数百万个微小的孔，每个孔只能容纳一个DNA片段。每个DNA片段被固定在孔中，并与荧光标记的碱基相互作用。
4. 合成：在每个孔中，DNA聚合酶将荧光标记的碱基加入到DNA链上，并通过激光探测每个碱基的荧光信号。
5. 数据分析：根据激光信号的荧光强度和序列，可以将碱基的顺序确定下来，从而得到DNA序列信息。

相关问题

illumina测序原理

Illumina测序技术是通过将待测DNA片段进行PCR扩增和断裂，然后将小片段DNA逐一固定在芯片上，并利用荧光信号进行测序，最后通过计算机对这些小片段进行拼接，得到原始DNA序列信息的一种高通量测序技术。

在Illumina测序中，先将待测DNA片段进行PCR扩增和断裂，得到长度在200-800bp之间的“文库”DNA片段。接着将这些文库片段随机地固定在一张荧光标记的玻璃芯片（flow cell）的表面上。每个DNA片段都会被多次扩增，在不同的位置产生成千上万个拷贝，形成成千上万个“簇”（cluster）。

随后，在芯片的每个簇中，加入一小段荧光标记的核酸，即引物。通过引物逐步加入对应的碱基，每次只添加一种碱基，并观察反应产生的荧光信号，记录该碱基是否被加入。连续四次添加四种不同碱基（A、T、C、G），然后再观察其产生的荧光信号是否有变化。不断地往芯片表面添加碱基并观察荧光信号的变化，就可以逐步确定每个DNA片段的序列。

最后，通过计算机对这些小片段的序列信息进行拼接，得到原始DNA序列信息。

二代测序数据分析流程

二代测序数据分析流程包括以下几个步骤：

1. 数据质控：对测序数据进行质量评估和过滤，去除低质量的reads和污染序列，以确保后续分析的准确性和可靠性。

2. 序列比对：将过滤后的reads与参考基因组或转录组进行比对，以确定每个read的起始位置和方向。

3. 变异检测：通过比对结果，检测样本中的单核苷酸变异（SNVs）、插入缺失（indels）等遗传变异。

4. 基因表达分析：根据比对结果，计算每个基因的表达水平，包括基因的读数、FPKM（每百万读数的碱基数）或TPM（每百万转录本的碱基数）等。

5. 基因差异表达分析：比较不同条件下的基因表达水平，识别差异表达的基因，并进行统计学分析和功能富集分析。

6. 功能注释：对检测到的变异和差异表达基因进行功能注释，包括基因本体（Gene Ontology）分析、通路富集分析等，以了解其生物学功能和相关通路。

7. 数据可视化：将分析结果以图表、热图、散点图等形式进行可视化展示，以便更好地理解和解释数据。

需要注意的是，二代测序数据分析流程可能因具体研究目的和数据类型的不同而有所差异，上述步骤仅为一般流程的概述。具体的数据分析流程还需要根据实际情况进行调整和优化。\[1\]\[2\]\[3\]
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* *3* [illumina 二代测序原理及过程](https://blog.csdn.net/zea408497299/article/details/124957981)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insert_down1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
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