转录组测序在高通量测序技术中是如何应用的？请详细描述从Illumina HiSeq测序仪获取的数据如何进行基因表达定量和差异基因分析。

转录组测序技术是通过高通量测序技术对特定生物体在特定条件下的所有转录本序列信息进行获取的一种方法。在实际应用中，Illumina HiSeq测序仪因其高通量和低成本的优势被广泛用于转录组测序。测序得到的是大量的原始读取（Reads），这些读取需要经过质量控制、过滤等预处理步骤，然后使用诸如Trinity等软件进行从头组装或参考基因组比对。

参考资源链接：[揭秘转录组测序全流程：从技术到应用详解](https://wenku.csdn.net/doc/4o8znn5qrm?spm=1055.2569.3001.10343)

在有参考基因组的情况下，转录组测序数据通过比对软件如Tophat和Cufflinks等工具与参考基因组进行比对，以便将读取映射到基因组的位置上。随后进行基因表达定量，通过计算每个基因的读取覆盖深度，得到每个基因的表达量。差异基因分析则是通过比较不同样本间的基因表达量来识别在不同条件或时间点表达量有显著变化的基因，这一过程可以使用DESeq2、edgeR等R包或相应的生物信息学软件实现。

对于无参考基因组的情况，转录组测序数据首先通过转录本组装软件如Trinity进行de novo组装，得到转录本的序列。随后，这些转录本序列可以通过序列相似性比对到已知的蛋白数据库中进行功能注释。表达量定量和差异分析同样可以通过特定的软件工具完成，但可能需要额外的步骤来验证转录本的正确性。

总的来说，转录组测序技术能够提供大量关于基因表达模式及其变化的信息，而高通量测序技术如Illumina HiSeq则是获取这些信息的关键工具。通过上述分析流程，研究人员能够深入理解基因表达的动态变化及其在生物学过程中的功能和作用。

参考资源链接：[揭秘转录组测序全流程：从技术到应用详解](https://wenku.csdn.net/doc/4o8znn5qrm?spm=1055.2569.3001.10343)