高通量测序代码及操作流程
时间: 2024-01-19 20:02:48 浏览: 41
高通量测序的代码和操作流程会因为使用的测序平台、数据分析软件和具体分析要求而有所不同。下面是一些常用的高通量测序代码和操作流程,仅供参考:
1. Illumina 测序
Illumina 是目前使用最广泛的高通量测序平台之一。其操作流程大致如下:
1. DNA 或 RNA 样品制备:样品可以是血液、组织、细胞等。首先需要提取 DNA 或 RNA,并进行纯化和定量。
2. 文库构建:将 DNA 或 RNA 样品片段化,并用连接器连接到载体上,构建文库。
3. PCR 扩增:使用 PCR 扩增文库中的 DNA 片段,使其扩增到足够的数量,以便进行测序。
4. Illumina 测序:将 PCR 扩增的文库中的 DNA 片段进行测序,可以使用 Illumina 的 HiSeq、MiSeq、NovaSeq 等测序仪器。
5. 数据分析:对测序得到的原始数据进行质量控制、序列比对、变异检测、基因表达分析等数据分析步骤,可以使用软件包括 BWA、Samtools、GATK、DESeq2 等。
2. PacBio 测序
PacBio 是一种单分子实时测序技术,可以得到长读长序列。其操作流程大致如下:
1. DNA 样品制备:首先需要提取 DNA,并进行纯化和定量。
2. 文库构建:将 DNA 样品分子化,并用连接器连接到载体上,构建文库。
3. PacBio 测序:将文库中的 DNA 分子进行测序,可以使用 PacBio 的 RS II、Sequel 等测序仪器。
4. 数据分析:对测序得到的原始数据进行质量控制、序列比对、变异检测等数据分析步骤,可以使用软件包括 SMRT Analysis、Canu、Quiver 等。
3. Oxford Nanopore 测序
Oxford Nanopore 是一种基于纳米孔技术的高通量测序技术。其操作流程大致如下:
1. DNA 或 RNA 样品制备:样品可以是血液、组织、细胞等。首先需要提取 DNA 或 RNA,并进行纯化和定量。
2. 文库构建:将 DNA 或 RNA 样品分子化,并用连接器连接到载体上,构建文库。
3. Nanopore 测序:将文库中的 DNA 或 RNA 分子通过纳米孔进行测序,可以使用 Oxford Nanopore 的 MinION、PromethION 等测序仪器。
4. 数据分析:对测序得到的原始数据进行质量控制、序列比对、变异检测等数据分析步骤,可以使用软件包括 Guppy、Minimap2、Medaka 等。
需要注意的是,上述流程仅是高通量测序的基本流程,具体操作和代码可能因为实验设计、数据分析需求等因素而有所不同。
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