用R语言对不同样区的物种进行NMDS分析
时间: 2023-05-30 16:02:39 浏览: 593
44.R语言非度量多维标尺排序NMDS及一般加性模型映射教程
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以下是使用R语言进行不同样区物种的NMDS分析的步骤:
1. 导入数据:将数据导入R语言中,数据格式为物种数量矩阵(species abundance matrix)。可以使用以下命令导入数据:
```r
# 导入数据
data <- read.table("data.txt", header = TRUE, row.names = 1)
```
其中,data.txt为数据文件名,header = TRUE表示第一行为表头,row.names = 1表示第一列为行名(即物种名)。
2. 计算相异度矩阵:使用Bray-Curtis相异度计算样区之间的相异度矩阵,可以使用以下命令:
```r
# 计算相异度矩阵
dist_matrix <- vegdist(data, method = "bray")
```
其中,vegdist()函数是R中的一个函数,用于计算物种数量矩阵的相异度矩阵,method = "bray"表示使用Bray-Curtis相异度计算相异度矩阵。
3. 进行NMDS分析:使用metaMDS()函数进行NMDS分析,可以使用以下命令:
```r
# 进行NMDS分析
nmds <- metaMDS(data, distance = dist_matrix)
```
其中,metaMDS()函数是R中的一个函数,用于进行非度量多维标度分析(NMDS),distance = dist_matrix表示使用相异度矩阵作为输入数据。
4. 绘制NMDS图:使用plot()函数绘制NMDS分析结果的图形,可以使用以下命令:
```r
# 绘制NMDS图
plot(nmds, type = "n")
text(nmds, display = "species", cex = 0.8)
```
其中,plot()函数用于绘制NMDS图,type = "n"表示先画出坐标轴,但不画出点;text()函数用于在坐标轴上标注物种名称,display = "species"表示标注物种名称,cex = 0.8表示标注字体大小为0.8倍。
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