请写出利用遗传算法优化oif指数进行高光谱波段选择的具体代码,并解释每一行代码
时间: 2023-06-15 09:04:19 浏览: 112
利用遗传算法优化oif指数进行高光谱波段选择
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遗传算法是一种基于自然选择和遗传机制的优化算法,常用于寻找最优解或次优解。对于高光谱波段选择问题,可以利用遗传算法来搜索最优的波段组合,从而达到最优的分类和回归效果。以下是一个利用遗传算法优化oif指数进行高光谱波段选择的代码示例:
```python
import numpy as np
import random
# 定义目标函数:oif指数
def oif_index(wavelengths, reflectance):
numerator = np.amax(reflectance) - reflectance[0]
denominator = np.sum(np.abs(np.diff(reflectance)))
return numerator / denominator
# 定义适应度函数:oif指数的倒数(最小化目标函数)
def fitness(wavelengths, reflectance):
oif = oif_index(wavelengths, reflectance)
return 1 / oif
# 定义遗传算法参数
POP_SIZE = 50 # 种群大小
GENE_SIZE = 200 # 基因长度
MUTATION_RATE = 0.01 # 变异率
ELITE_RATE = 0.1 # 精英率
GENERATIONS = 50 # 迭代次数
# 初始化种群
population = []
for i in range(POP_SIZE):
genes = [random.randint(0, 1) for _ in range(GENE_SIZE)]
population.append(genes)
# 迭代优化
for generation in range(GENERATIONS):
# 计算适应度
fitnesses = []
for genes in population:
wavelengths = [i for i, x in enumerate(genes) if x == 1]
reflectance = get_reflectance(wavelengths)
fitnesses.append(fitness(wavelengths, reflectance))
# 保留精英
elite_size = int(ELITE_RATE * POP_SIZE)
elites = [population[i] for i in np.argsort(fitnesses)[-elite_size:]]
# 轮盘赌选择
mating_pool = []
for _ in range(POP_SIZE - elite_size):
fitness_sum = sum(fitnesses)
probabilities = [fitness / fitness_sum for fitness in fitnesses]
mating_index = np.random.choice(range(POP_SIZE), p=probabilities)
mating_pool.append(population[mating_index])
# 交叉繁殖
offspring = []
for i in range(len(mating_pool) // 2):
parent1, parent2 = mating_pool[i], mating_pool[len(mating_pool)-i-1]
crossover_point = random.randint(0, GENE_SIZE-1)
child1 = parent1[:crossover_point] + parent2[crossover_point:]
child2 = parent2[:crossover_point] + parent1[crossover_point:]
offspring.append(child1)
offspring.append(child2)
# 变异
for i in range(len(offspring)):
for j in range(GENE_SIZE):
if random.random() < MUTATION_RATE:
offspring[i][j] = 1 - offspring[i][j] # 翻转基因
# 生成下一代种群
population = elites + offspring
# 选择最优解
best_genes = elites[-1]
best_wavelengths = [i for i, x in enumerate(best_genes) if x == 1]
best_reflectance = get_reflectance(best_wavelengths)
best_oif = oif_index(best_wavelengths, best_reflectance)
print("Best oif index:", best_oif)
print("Selected wavelengths:", best_wavelengths)
```
代码解释:
第 3-9 行定义了目标函数 oif_index,用于计算波段组合的 oif 指数。其中,numerator 表示最大反射率与第一个波段反射率之差,denominator 表示相邻两个波段反射率之差的绝对值之和。
第 11-15 行定义了适应度函数 fitness,用于计算波段组合的适应度,即 oif 指数的倒数。由于遗传算法是一个最小化问题,因此需要使用适应度函数的倒数来进行优化。
第 17-21 行定义了遗传算法的参数,包括种群大小、基因长度、变异率、精英率和迭代次数。
第 23-30 行初始化种群,随机生成 POP_SIZE 个基因,每个基因由 0 和 1 组成,1 表示选择该波段,0 表示不选择该波段。
第 32-61 行是遗传算法的核心部分。每一轮迭代分为以下几个步骤:
1. 计算种群中每个个体的适应度。
2. 选择精英个体,精英个体直接复制到下一代种群中。
3. 选择剩余个体,使用轮盘赌选择算法进行选择。
4. 交叉繁殖,使用单点交叉算法对每对父代进行交叉繁殖,生成两个子代。
5. 变异,对每个子代进行基因翻转操作,以一定的概率将 0 变为 1,将 1 变为 0。
6. 生成下一代种群,将精英个体和子代合并成新的种群。
第 63-68 行选择最优解,输出 oif 指数和选择的波段。
需要注意的是,代码中使用了一个未定义的函数 get_reflectance,该函数用于获取选择的波段的反射率数据,需要根据具体情况进行实现。
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