linux下下载基因组程序,从 NCBI 批量下载基因组的方法

在 Linux 下下载基因组程序，可以使用常见的命令行下载工具如 wget 或 curl 等，也可以使用专业的基因组下载工具如 NCBI 的 Entrez Direct 工具。

针对批量下载基因组，可以使用 NCBI 的 E-utilities 工具。以下是使用 E-utilities 批量下载基因组的步骤：

1. 打开 NCBI 的网站，搜索需要下载的基因组。

2. 选择需要下载的基因组，记录下该基因组的 Accession 号。

3. 安装 Entrez Direct 工具，可在 NCBI 的 Entrez Direct 页面下载安装包。

4. 打开终端，进入工作目录，执行以下命令：

esearch -db assembly -query "accession1 OR accession2 OR accession3..." | efetch -format docsum | xtract -pattern DocumentSummary -element FtpPath_GenBank > ftp_links.txt

其中，accession1, accession2, accession3... 是需要下载的基因组的 Accession 号，多个 Accession 号用 OR 连接。

5. 上述命令将查询 NCBI 的 assembly 数据库，获取指定 Accession 号的基因组信息，提取出 GenBank FTP 链接，并保存到 ftp_links.txt 文件中。

6. 执行以下命令下载基因组：

wget -i ftp_links.txt

该命令将读取 ftp_links.txt 文件中的链接，使用 wget 工具进行下载。

注意：使用 E-utilities 工具下载基因组需要注意 NCBI 的使用条款，不得将下载的数据用于商业用途。