Linux下载GEO数据,教你3种方法下载NCBI GEO数据
时间: 2024-04-06 16:34:06 浏览: 1004
批量下载GEO数据（样本/系列）：该文件根据url列表从NCBI GEO批量下载文件。-matlab开发
好的，下面是三种下载NCBI GEO数据的方法：
方法一：使用wget命令下载GEO数据
1. 打开NCBI GEO网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）；
2. 在搜索框中输入GEO数据的ID，如GSE12345；
3. 在搜索结果页面中点击“FTP”按钮，进入FTP页面；
4. 复制FTP链接，如ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar；
5. 在Linux终端中输入wget命令下载数据，如：wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar。
方法二：使用rsync命令下载GEO数据
1. 打开NCBI GEO网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）；
2. 在搜索框中输入GEO数据的ID，如GSE12345；
3. 在搜索结果页面中点击“FTP”按钮，进入FTP页面；
4. 复制FTP链接，如ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar；
5. 在Linux终端中输入rsync命令下载数据，如：rsync -avP rsync://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar .
方法三：使用Aspera Connect下载GEO数据
1. 打开NCBI GEO网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）；
2. 在搜索框中输入GEO数据的ID，如GSE12345；
3. 在搜索结果页面中点击“FTP”按钮，进入FTP页面；
4. 点击“Aspera Connect”按钮，下载并安装Aspera Connect客户端；
5. 在Linux终端中输入ascp命令下载数据，如：ascp -QT -l 300m -P 33001 -i /path/to/aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-connect://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar .。
以上是三种下载NCBI GEO数据的方法，希望能帮到您。
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2. Express.js 概念：Express.js 是一个基于Node.js平台的极简、灵活的web应用开发框架。它提供了一系列强大的功能，用于开发单页、多页和混合web应用。Express.js的亮点在于其路由系统，对中间件的使用，以及对视图引擎的支持。
3. deno-express 项目：该项目以Node.js的Express框架为灵感，为Deno提供了一套类似于Express的Web服务器搭建方式。使用deno-express可以让开发者用熟悉的Express API在Deno环境中快速构建Web应用。
4. TypeScript 使用：TypeScript 是 JavaScript 的一个超集，添加了类型系统和对ES6+的新特性的支持。它最终会被编译成纯JavaScript代码，以便在浏览器和Node.js等JavaScript环境中运行。在deno-express项目中，通过TypeScript编写代码，不仅可以享受到静态类型检查的好处，还可以利用TypeScript的强类型系统来构建更稳定、易于维护的代码。
5. 代码示例解析：在描述中提供了一个简短的代码示例，示范了如何使用deno-express构建一个简单的web server。
- `import * as expressive from "https://raw.githubusercontent.com/NMathar/deno-express/master/mod.ts";` 这行代码通过网络导入了deno-express库的核心模块。
- `const port = 3000;` 定义了一个端口号，即web服务器将监听的端口。
- `const app = new expressive.App();` 创建了一个Express-like的App实例。
- `app.use(expressive.simpleLog());` 使用了一个简单的日志中间件，这可能会记录请求和响应的信息。
- `app.use(expressive.static_("./public"));` 使用了静态文件服务中间件，指定 "./public" 作为静态文件目录，使得该目录下的文件可以被Web服务访问。
- `app.use(expressive.bodyParser.json());` 使用了body-parser中间件，它能解析请求体中的JSON格式数据，使得在后续的请求处理中可以方便地获取这些数据。
6. Deno 与 Node.js 的对比：Deno与Node.js在设计哲学和实现上有明显差异。Deno不使用npm作为包管理器，而是通过URL导入模块。它也具备内置的TLS和网络测试工具，以及自动的依赖项管理，这都是Node.js需要外部模块来实现的功能。
7. 代码示例中的未显示部分：描述中仅展示了server.ts文件的部分内容，根据标准的Express应用结构，可能还会包括定义路由、设置视图引擎、错误处理中间件等。
8. 模块和库的使用：在deno-express项目中，开发者会接触到如何在Deno环境下使用外部模块。在JavaScript和TypeScript社区中，通过URL直接导入模块是一个新颖的方法，它使得依赖关系变得清晰，并且有助于构建安全、无包管理器污染的应用。
9. 对于TypeScript的依赖：由于deno-express项目的代码示例是用TypeScript编写的，所以它展示了TypeScript在Deno项目中如何使用。Deno对TypeScript的支持是原生的，无需额外编译器，直接运行即可。
10. Web服务器搭建实践：通过这个项目，开发者可以学习如何在Deno中搭建和管理Web服务器，包括如何处理路由、如何对请求和响应进行中间件处理等Web开发基础知识点。
通过对以上知识点的了解，可以对deno-express项目有一个全面的认识。该项目不仅为Deno提供了类似Express.js的Web开发体验，还展示了如何利用TypeScript来构建现代化、高性能的Web应用。