R语言的 fr布局 处理一个 相关网络矩阵 数据,具体的使用方法,及其示例代码该怎么写,layout_with_fr 函数的详细释义是什么,参数怎么填
时间: 2023-06-14 21:04:55 浏览: 178
FR.rar_FR_fr梯度下降_newton step_矩阵求逆_非线性方程组
`layout_with_fr` 函数是 `igraph` 包中用于使用 Fruchterman-Reingold 算法计算布局(layout)的函数。该算法基于物理模型,在二维平面上排列节点,使得相互连接的节点更加接近。该算法的主要思想是,节点之间相互排斥,边的弹簧力让相连的节点之间相互吸引,从而形成一个平衡的状态。
下面是一个使用 `layout_with_fr` 函数进行布局的示例代码:
```r
library(igraph)
# 创建一个相关网络矩阵
m <- matrix(rbinom(25, 1, 0.5), nrow = 5)
m <- m + t(m)
diag(m) <- 0
# 将相关网络矩阵转换为igraph对象
g <- graph_from_adjacency_matrix(m)
# 使用Fruchterman-Reingold算法计算布局
layout <- layout_with_fr(g)
# 绘制图形
plot(g, layout = layout)
```
在上述代码中,首先使用 `matrix` 函数创建一个随机的相关网络矩阵,然后使用 `graph_from_adjacency_matrix` 函数将其转换为 `igraph` 对象。接着,使用 `layout_with_fr` 函数计算布局,并将其存储在 `layout` 变量中。最后,使用 `plot` 函数绘制图形并指定布局。
`layout_with_fr` 函数的参数如下:
- `graph`:要进行布局的 `igraph` 对象。
- `weights`:边权重的向量,如果未指定,则默认为 1。
- `grid`: 一个布尔值,指定是否使用网格来加速计算。默认为 `TRUE`。
- `dim`: 布局的维度,默认为 2。
- `area`: 布局区域的大小,默认为 1。
- `repulserad`: 节点之间的最小距离,默认为 1e-3。
- `maxiter`: 最大迭代次数,默认为 1000。
- `miniter`: 最小迭代次数,默认为 100。
- `cooling`: 降温速率,默认为 0.95。
- `verbose`: 是否输出详细信息,默认为 `FALSE`。
更多关于 Fruchterman-Reingold 算法和 `layout_with_fr` 函数的详细信息可以参考 `igraph` 包的官方文档。
阅读全文