KOBAS进行富集分析是什么

KOBAS（KEGG Orthology Based Annotation System）是一种生物信息学工具，主要用于基因注释和功能富集分析。它通过将用户的基因列表映射到KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 的路径数据库，来识别并统计这些基因参与的关键代谢途径、信号传导通路或其他生物学过程。KOBAS可以帮助研究人员理解基因表达数据背后的生物学意义，发现潜在的生物学网络连接，并支持假设生成和进一步实验设计。

相关问题

用kobas做kegg富集，请举例输入格式

以下是KOBAS进行KEGG富集分析的输入文件格式示例：

Gene_ID
ENSG00000121410
ENSG00000175899
ENSG00000087086
ENSG00000188976
ENSG00000187583
ENSG00000187634

其中，`Gene_ID`为第一列的列名，表示该列为基因ID列。从第二行开始，每行为一个基因ID，注意不要包含表头行。

你可以将你的基因ID复制到类似Excel的表格中，然后将表格另存为txt或csv格式，即可得到KOBAS所需的输入文件。

kegg通路富集分析代码

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是一种广泛用于生物学研究的数据库系统，特别是对于代谢途径、信号传导等生物网络的研究。进行KEGG通路富集分析通常是通过统计某个基因集合在特定通路中出现的频率，然后对比随机分布，看它们是否显著集中于某些通路。

在Python中，常用的库如`Bioconductor`（针对R语言）或`Python-KOBAS`、`gseapy`等可以完成这一任务。这里举一个简单的例子，使用Python的`gseapy`库：

from gseapy import enrichr

# 假设你有一个基因列表
gene_list = ...

# 创建Enrichr对象并设置参数
enrichr = enrichr.GSEapy()

# 设置KEGG pathways作为富集类别
enrichr.set_dataset(gene_list, gene_sets='kegg_2016')

# 执行富集分析
results = enrichr.enrichr('KEGG_PATHWAY', organism='hsa')  # 'hsa'代表人类

# 输出结果
for key in results.keys():
    print(f'{key}: {results[key]}')