def getBreathingCurve(vxpPath,scanTimes,isplot=0): #读取vxp文档的信息 with open(vxpPath, 'rb') as f: num = 0 amplitudes=[] phases=[] timestamps=[] ttlins=[] marks=[] for line in f: num += 1 if num>=11: line = line.strip() line = str(line, encoding = "utf8") #print(line) line = line.split(',') amplitudes.append(float(line[0])) phases.append(line[1]) time = line[2] if len(time)<4: ms = int(time) s = 0 else: ms = int(time[len(time)-3:]) s = int(time[0:len(time)-3]) timestamps.append(s+ms/1000) # unit [s] ttlins.append(int(line[4])) marks.append(line[5]) amplitudes = np.array(amplitudes) timestamps = np.array(timestamps) ttlins = np.array(ttlins) marks = np.array(marks) indexP = np.where( marks=='P')[0] indexZ = np.where( marks=='Z')[0] if len(indexP)>len(indexZ): indexP=indexP[0:len(indexZ)] else: indexZ=indexP[0:len(indexP)] #print(amplitudes[indexP].tolist()) # 计算base line,使振幅均值为0 baseZ = np.average((amplitudes[indexP]+amplitudes[indexZ])/2) print('baseZ = {}'.format(baseZ)) amplitudes = np.array(amplitudes) amplitudes = amplitudes - baseZ if isplot==1: plt.figure(figsize=(20,5)) plt.plot(timestamps,amplitudes,'k') index = np.where( ttlins==0)[0] if isplot==1: plt.plot(timestamps[index].tolist(),amplitudes[index].tolist(),'b') plt.plot(timestamps[indexP].tolist(),amplitudes[indexP].tolist(),'go') plt.plot(timestamps[indexZ].tolist(),amplitudes[indexZ].tolist(),'yo') amplitudesA=np.zeros(scanTimes.shape) for i in range(0,scanTimes.shape[0]): for j in range(0,scanTimes.shape[1]): distance = abs(scanTimes[i,j]-timestamps) index = [np.argmin(distance)] amplitudesA[i,j] = amplitudes[index[0]] #timestamps1.append(timestamps[index[0]]) #amplitudes=amplitudes1 #timestamps=timestamps1 if isplot==1: plt.plot(scanTimes[i,:],amplitudesA[i,:],'r.') if isplot==1: plt.show() return amplitudesA

这是一个Python函数，用于读取vxp文档中的信息，并计算出相应的呼吸曲线。函数接受三个参数：vxpPath（vxp文档的路径），scanTimes（扫描时间）和isplot（是否绘制呼吸曲线图）。函数首先打开vxp文档，读取其中的振幅、相位、时间戳、TTL以及标记等信息。然后，函数计算出基线（base line），使得振幅均值为0。接下来，函数根据扫描时间计算出每个时间点对应的振幅值，并返回呼吸曲线。如果isplot参数为1，则函数还会绘制呼吸曲线图。

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def getBreathingCurve(vxpPath,scanTimes,isplot=0): #读取vxp文档的信息 with open(vxpPath, 'rb') as f: num = 0 amplitudes=[] phases=[] timestamps=[] ttlins=[] marks=[] for line in f: num += 1 if num>=11: line = line.strip() line = str(line, encoding = "utf8") #print(line) line = line.split(',') amplitudes.append(float(line[0])) phases.append(line[1]) time = line[2] if len(time)<4: ms = int(time) s = 0 else: ms = int(time[len(time)-3:]) s = int(time[0:len(time)-3]) timestamps.append(s+ms/1000) # unit [s] ttlins.append(int(line[4])) marks.append(line[5]) amplitudes = np.array(amplitudes) timestamps = np.array(timestamps) ttlins = np.array(ttlins) marks = np.array(marks) indexP = np.where( marks=='P')[0] indexZ = np.where( marks=='Z')[0] if len(indexP)>len(indexZ): indexP=indexP[0:len(indexZ)] else: indexZ=indexZ[0:len(indexP)] #print(amplitudes[indexP].tolist())

这段代码是Python语言编写的，定义了一个名为getBreathingCurve的函数，参数包括vxpPath：vxp文档的路径，scanTimes：扫描次数，isplot：是否画图，默认为0，即不绘制图像。该函数的主要功能是读取vxp文档中的信息，包括呼吸曲线的振幅、相位、时间戳、TTL信号和标记等，并将这些信息存储在相应的列表中。最后，该函数会根据标记中的"P"和"Z"找到呼吸曲线的起始和终止点，返回呼吸曲线的振幅信息。

帮我详细解释一下这段代码 GTV_indexes = [] GTVs_sum = np.zeros((512,512)) # Find the cuts containning GTV contours minXY = 600 maxXY = -1 for time in times: path = folder+patient+'\\'+str(int(time)) # Find the filenames starting with CT minXY1,maxXY1,GTV_index = findContours(path,isPlot=False) GTV_indexes=np.append(GTV_indexes,GTV_index) if minXY>minXY1: minXY = minXY1 elif maxXY<maxXY1: maxXY = maxXY1 print('minXY={}'.format(minXY),'maxXY={}'.format(maxXY)) GTV_indexes = np.array(GTV_indexes) GTV_indexes = np.unique(GTV_indexes).astype(int) print('Cuts including GTVs: {}'.format(GTV_indexes)) writeToFile(GTV_indexes,folder+patient+'\\GTV_indexs.txt') #将DICOM文件的拍摄时间与呼吸曲线对应 #CT scanning time # 由vxp文件获取开始扫描的时刻 vxpPath = folder+patient+'\\0006863819_20200730_090003.vxp' injectTime = getInjectionTime(vxpPath) print('Initial injection time of CT from vxp file:{}'.format(injectTime)) # 得到GTV cut的扫描时刻 scanTimes = np.ones((len(times),len(cuts))) print('scan time of each phase CT') for i,time in enumerate(times,start=0): for j,cut in enumerate(cuts,start=0): filename = folder+patient+'\\'+str(int(time))+'\\CT.{}'.format(patient)+'.Image {}.dcm'.format(int(cut)) scanTime = getScanTime(filename) scanTimes[i,j] = scanTime scanTimes = scanTimes-scanTimes.min()+injectTime # 画出呼吸曲线，并得到相应的呼吸幅度 amplitudes = getBreathingCurve(vxpPath,scanTimes,isplot=1) writeToFile(scanTimes,folder+patient+'\\scanTimes.txt') writeToFile(amplitudes,folder+patient+'\\amplitudes.txt')

这段代码主要是用于处理医学图像数据，以下是代码的具体解释：

- GTV_indexes = []: 定义了一个名为GTV_indexes的空列表，用于存储包含GTV轮廓的切片序号。
- GTVs_sum = np.zeros((512,512)): 定义了一个512x512的全零数组，用于存储GTV轮廓在所有切片上的像素和。
- for time in times: 遍历所有的时间点，其中times是一个包含多个时间点的列表。
- path = folder+patient+'\\'+str(int(time)): 构建了DICOM文件的路径，其中folder和patient是两个字符串变量。
- minXY1,maxXY1,GTV_index = findContours(path,isPlot=False): 调用了findContours函数，该函数用于在DICOM图像中找到GTV轮廓，返回最小和最大切片序号以及包含GTV轮廓的切片序号。
- GTV_indexes=np.append(GTV_indexes,GTV_index): 将包含GTV轮廓的切片序号添加到GTV_indexes列表中。
- if minXY>minXY1: minXY = minXY1 elif maxXY<maxXY1: maxXY = maxXY1: 更新minXY和maxXY变量的值，以记录包含GTV轮廓的最小和最大切片序号。
- GTV_indexes = np.array(GTV_indexes) GTV_indexes = np.unique(GTV_indexes).astype(int): 将GTV_indexes列表转换成numpy数组，并去除重复值，最终得到包含GTV轮廓的切片序号列表。
- print('Cuts including GTVs: {}'.format(GTV_indexes)) writeToFile(GTV_indexes,folder+patient+'\\GTV_indexs.txt'): 打印出包含GTV轮廓的切片序号列表，并将其写入文件GTV_indexs.txt中。
- vxpPath = folder+patient+'\\0006863819_20200730_090003.vxp': 获取vxp文件的路径。
- injectTime = getInjectionTime(vxpPath): 调用getInjectionTime函数，该函数用于从vxp文件中获取CT扫描开始的时间点。
- scanTimes = np.ones((len(times),len(cuts))): 定义了一个大小为(len(times), len(cuts))的全1数组，用于存储每个切片的扫描时间。
- for i,time in enumerate(times,start=0): 遍历时间点列表，并枚举每个时间点的下标i。
- for j,cut in enumerate(cuts,start=0): 遍历切片列表，并枚举每个切片的下标j。
- filename = folder+patient+'\\'+str(int(time))+'\\CT.{}'.format(patient)+'.Image {}.dcm'.format(int(cut)): 构建了DICOM文件的路径。
- scanTime = getScanTime(filename): 调用getScanTime函数，该函数用于从DICOM文件中获取扫描时间。
- scanTimes[i,j] = scanTime: 将扫描时间赋值给scanTimes数组的第i行第j列。
- scanTimes = scanTimes-scanTimes.min()+injectTime: 将所有扫描时间减去最小扫描时间，并加上注射时间，以得到相对于注射时间的扫描时间。
- amplitudes = getBreathingCurve(vxpPath,scanTimes,isplot=1): 调用getBreathingCurve函数，该函数用于从vxp文件中获取呼吸曲线，并返回呼吸幅度列表。
- writeToFile(scanTimes,folder+patient+'\\scanTimes.txt')和writeToFile(amplitudes,folder+patient+'\\amplitudes.txt'): 将扫描时间和呼吸幅度分别写入文件scanTimes.txt和amplitudes.txt中。