tcga下载低级别胶质瘤(lgg)基因表达counts数据和临床数据
时间: 2023-05-15 12:00:45 浏览: 178
TCGA（The Cancer Genome Atlas）是一个治疗癌症的综合性基因组分析项目。它是一个联合项目，由美国癌症研究所（NCI）和国立人类基因组研究所（NHGRI）发起。该项目通过基因测序技术和组学方法来分析癌症的基因组学特征，并提供大规模的生物信息学数据，以便研究人员和医生更好地了解和治疗癌症。
如果我们想从TCGA下载低级别胶质瘤（LGG）基因表达Counts数据和临床数据，我们需要遵循以下步骤：
第一步：访问TCGA数据门户网站https://portal.gdc.cancer.gov/。
第二步：单击“搜索”按钮。
第三步：从下拉菜单中选择“全部数据”。
第四步：填写关于LGG数据的搜索条件。在“主数据类型”中选择“基因表达数据（Counts）”，在“癌症名称”中选择“低级别胶质瘤”。然后点击“搜索”。
第五步：选择你需要的数据集。点击该数据集所在的行，进入数据下载页面。
第六步：选择下载格式和数据类型。对于基因表达数据（Counts），我们可以选择原始数据或已处理的数据，这里我们可以选择已处理的数据。
第七步：开始下载数据。我们需要在此页面上填写必要的信息，并接受数据使用协议，然后点击“提交”。
第八步：下载并解压数据文件。
下面，我们还需要获取LGG的临床数据。
第一步：回到数据门户网站https://portal.gdc.cancer.gov/。
第二步：单击“搜索”按钮。
第三步：从下拉菜单中选择“全部数据”。
第四步：填写关于LGG数据的搜索条件。在“主数据类型”中选择“临床数据”，在“癌症名称”中选择“低级别胶质瘤”。然后点击“搜索”。
第五步：选择你需要的数据集。点击该数据集所在的行，进入数据下载页面。
第六步：选择下载格式、数据类型和文件类型。对于临床数据，我们可以选择Clinial Data XML（CDX）或Tab-Separated Values（TSV）格式。
第七步：开始下载数据。我们需要在此页面上填写必要的信息，并接受数据使用协议，然后点击“提交”。
第八步：下载并解压数据文件。
完成下载后，我们可以使用已下载的数据集来进行LGG的基因表达和临床数据分析，以便更好地了解和治疗LGG。
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知识点详细说明:
1. 主成分分析（PCA）：PCA是一种统计方法，它通过正交变换将一组可能相关的变量转换为一组线性不相关的变量，这些新变量称为主成分。PCA在降维、数据压缩和数据解释方面非常有用。它能够将多维数据投影到少数几个主成分上，以揭示数据中的主要变异模式。
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3. MATLAB：MATLAB是一个高性能的数值计算和可视化软件，广泛用于工程、科学和数学领域。它提供了大量的内置函数，用于矩阵运算、函数和数据分析、算法开发、图形绘制和用户界面构建等。
4. 帕累托图：在PCA的上下文中，帕累托图可能是指对主成分的贡献度进行可视化，从而展示各个特征在各主成分上的权重大小，帮助解释主成分。
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面向对象编程（OOP）是一种编程范式，它使用“对象”来设计应用和计算机程序。在OOP中，对象可以包含数据和代码，这些代码称为方法。对象中的数据通常被称为属性。OOP的关键概念包括类、对象、继承、多态和封装。
JavaScript类的创建和使用涉及以下几个关键点：
1. 类声明和类表达式：类可以通过类声明和类表达式两种形式来创建。类声明使用`class`关键字，后跟类名。类表达式可以是命名的也可以是匿名的。
```javascript
// 类声明
class Rectangle {
constructor(height, width) {
this.height = height;
this.width = width;
}
}
// 命名类表达式
const Square = class Square {
constructor(sideLength) {
this.sideLength = sideLength;
}
};
```
2. 构造函数：在JavaScript类中，`constructor`方法是一个特殊的方法，用于创建和初始化类创建的对象。一个类只能有一个构造函数。
3. 继承：继承允许一个类继承另一个类的属性和方法。在JavaScript中，可以使用`extends`关键字来创建一个类，该类继承自另一个类。被继承的类称为超类（superclass），继承的类称为子类（subclass）。
```javascript
class Animal {
constructor(name) {
this.name = name;
}
speak() {
console.log(`${this.name} makes a noise.`);
}
}
class Dog extends Animal {
speak() {
console.log(`${this.name} barks.`);
}
}
```
4. 类的方法：在类内部可以定义方法，这些方法可以直接写在类的主体中。类的方法可以使用`this`关键字访问对象的属性。
5. 静态方法和属性：在类内部可以定义静态方法和静态属性。这些方法和属性只能通过类本身来访问，而不能通过实例化对象来访问。
```javascript
class Point {
constructor(x, y) {
this.x = x;
this.y = y;
}
static distance(a, b) {
const dx = a.x - b.x;
const dy = a.y - b.y;
return Math.sqrt(dx * dx + dy * dy);
}
}
const p1 = new Point(5, 5);
const p2 = new Point(10, 10);
console.log(Point.distance(p1, p2)); // 输出：7.071...
```
6. 使用new关键字创建实例：通过使用`new`关键字，可以基于类的定义创建一个新对象。
```javascript
const rectangle = new Rectangle(20, 10);
```
7. 类的访问器属性：可以为类定义获取（getter）和设置（setter）访问器属性，允许你在获取和设置属性值时执行代码。
```javascript
class Temperature {
constructor(celsius) {
this.celsius = celsius;
}
get fahrenheit() {
return this.celsius * 1.8 + 32;
}
set fahrenheit(value) {
this.celsius = (value - 32) / 1.8;
}
}
```
JavaScript类和OOP的概念不仅限于上述这些，还包括如私有方法和属性、类字段（字段简写和计算属性名）等其他特性。这些特性有助于实现封装、信息隐藏等面向对象的特性，使得JavaScript的面向对象编程更加灵活和强大。随着JavaScript的发展，类和OOP的支持在不断地改进和增强，为开发者提供了更多编写高效、可维护和可扩展代码的工具。
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<dependency>
<groupId>org.apache.poi</groupId>
<artifactId>poi-ooxml</artifactId>
<version>5.0.0</version> <!-- 更新到最新的稳定版本 -->
</dependency>
```
2. **创建`XWP
Argspect-0.0.1版本Python包发布与使用说明
资源摘要信息: "Argspect-0.0.1-py36-none-any.whl.zip"
从给定的文件信息中，我们可以提取出以下几个知识点：
1. 文件格式与类型：
- 该文件是一个ZIP格式的压缩包，即Argspect-0.0.1-py36-none-any.whl.zip。ZIP是一种通用的压缩文件格式，常用于将多个文件或文件夹压缩为一个文件以便于传输或存储。
- 压缩包中包含了一个wheel文件，即Argspect-0.0.1-py36-none-any.whl。Wheel（.whl）是一种Python包格式，它是PEP 427中定义的分发包格式，旨在替代传统的源代码包（.tar.gz）以及egg格式，提供一种快速的安装方式。
2. Python wheel文件：
- .whl文件是Python语言的分发格式之一。与传统的源代码包相比，wheel格式可以更快地安装Python包，因为它避免了执行安装过程中需要编译源代码的步骤。这种格式仅用于二进制分发，并且每个wheel文件都是针对特定的平台和Python版本构建的。
- 根据文件名Argspect-0.0.1-py36-none-any.whl中的"py36"，我们可以推断该wheel文件是为Python版本3.6设计的。"none"通常表示没有特定的操作系统依赖（即通用二进制包），"any"则意味着它适用于所有架构。
3. 使用说明文档：
- 压缩包中还包含了一个名为“使用说明.txt”的文件。这表明Argspect软件或库的用户提供了一个文本文件来说明如何使用该软件包。对于用户来说，遵循这些指示可以正确安装和配置软件包，确保其功能按照预期工作。
4. Argspect软件或库：
- 尽管文件信息中没有直接提供Argspect软件或库的具体信息，我们可以推断 Argspect-0.0.1-py36-none-any.whl 是 Argspect 的第一个版本，而它遵循的命名规则暗示这是一个Python模块或软件包。
- 根据版本号“0.0.1”，可以推断这是一个早期版本，可能包含基本的功能和有限的错误修复，未来可能会有更新的版本发布以提供更多的特性和改进。
5. Python版本支持：
- Argspect被设计为支持Python 3.6版本，这意味着它可能不兼容Python 3的其他版本，特别是那些较旧或更新的版本。开发者在设计时需要考虑到这一点，以确保兼容性和维护特定版本的特性。
6. 标签“whl”：
- 这个标签直接指向了文件的内容类型，即wheel文件。在软件包管理中，这个标签有助于用户或系统快速识别文件类型，从而采取相应的安装或处理步骤。
总结以上知识点，Argspect-0.0.1-py36-none-any.whl.zip文件包含了Argspect软件包的首个Python wheel版本，专为Python 3.6设计，能够提供快速安装体验。同时，它附带了一份使用说明文档，帮助用户了解如何正确安装和使用该软件包。开发者和用户都应该注意Python版本的兼容性，确保软件包能够正常运行。
关系数据表示学习
关系数据卢多维奇·多斯桑托斯引用此版本：卢多维奇·多斯桑托斯。关系数据的表示学习机器学习[cs.LG]。皮埃尔和玛丽·居里大学-巴黎第六大学，2017年。英语。NNT：2017PA066480。电话：01803188HAL ID：电话：01803188https://theses.hal.science/tel-01803188提交日期：2018年HAL是一个多学科的开放存取档案馆，用于存放和传播科学研究论文，无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构，也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaireUNIVERSITY PIERRE和 MARIE CURIE计算机科学、电信和电子学博士学院（巴黎）巴黎6号计算机科学实验室D八角形T HESIS关系数据表示学习作者：Ludovic DOS SAntos主管：Patrick GALLINARI联合主管：本杰明·P·伊沃瓦斯基为满足计算机科学博士学位的要求而提交的论文评审团成员：先生蒂埃里·A·退休记者先生尤尼斯·B·恩