do ... done < a.txt

时间: 2024-09-10 21:26:29 浏览: 45
`do ... done` 是bash shell脚本中的一种循环结构,它会逐行读取文件 `a.txt` 中的内容并在 `while` 循环内部执行相应的命令。这里 `< a.txt` 表示从文件 `a.txt` 读取输入流。要演示这个过程,假设 `a.txt` 内容如下: ```txt line1 line2 line3 ``` 你可以创建一个简单的bash脚本来展示这个行为: ```bash #!/bin/bash # 使用 while read 命令逐行读取 a.txt while read -r line; do echo "Processing line: $line" # 这里可以替换为实际要执行的命令 done < a.txt ``` 当你运行这个脚本时,它会在每次迭代中打印出 `a.txt` 文件中的每一行。如果 `a.txt` 的换行格式不匹配(如Windows格式的 `\r\n` 对于Unix/Linux的 `\n`),可能会导致解析错误。解决这个问题的方法是在读取之前转换换行符,例如: ```bash #!/bin/bash dos2unix a.txt while read -r line; do echo "Processing line: $line" done < a.txt ``` 这里使用了 `dos2unix` 命令将 Windows 换行符转换成 Unix 格式。
相关问题

下面这段代码可以优化吗。for i in `cat a.txt`;do s=$i if [ ${s:0:3} = '133'];then sed -i '/'''$s'''/d' a.txt fi done; for j in `cat a.txt`;do for k in `cat del.txt`;do if [ $j = $k ];then sed -i '/'''$j'''/d' a.txt fi done; done; cat a.txt >> res.txt

是的,这段代码可以进行一些优化。以下是优化后的代码: ```bash #!/bin/bash # 读取 a.txt 文件的内容,并使用 while 循环逐行处理 while IFS= read -r line; do s="$line" if [[ ${s:0:3} == "133" ]]; then sed -i "/$s/d" a.txt fi done < a.txt # 使用 grep 和 comm 命令来进行两个文件的比对和删除操作 grep -v -f del.txt a.txt > res.txt echo "数据处理完成!" ``` 这个优化的版本避免了使用 `cat` 命令多次读取文件,而是使用了重定向和 `while` 循环来逐行处理文件内容。另外,使用了 `grep` 命令和 `-v` 参数来实现在 `del.txt` 中不存在的行的过滤,然后将结果保存到 `res.txt` 文件中。 请注意,优化后的代码假设 `a.txt` 和 `del.txt` 文件都在当前目录下。如果不是,请根据实际情况修改文件路径。 这样优化后的代码会更高效地处理数据,并减少了对文件的频繁读写操作。

用Python改写以下代码for i in $(ls ${contact_dir});do #temp: 1acb_E-by #temp1: 1acb_E temp=$(echo ${i%-*}) temp1=$(echo ${temp%-*}) awk '{if(!a[$6]++) print $6}' ${contact_dir}/${i} >${contact_dir}/${temp}-res.txt for j in $(cat ${contact_dir}/${temp}-res.txt);do cat ${contact_dir}/${temp}-res.vor | awk '$6=='$j'{print $0}' >${patch_dir}/${temp}_patch_${j}.txt value=0 for l in $(awk '{print $2}' ${patch_dir}/${temp}_patch_${j}.txt);do #echo $l res=$(awk '{print $2}' ${surface_dir}/${temp1}_surface.txt) #echo $res if ( echo ${res} | grep -q $l);then value=1 fi done #patch_abs for k in $(awk '{print $2}' ${patch_dir}/${temp}_patch_${j}.txt);do cat ${rsa_dir}/${temp1}_abs.txt | awk '$3=='$k'{print $0}' >>${patch_abs_dir}/${temp1}_patch_${j}.txt done for m in $(awk '{print $2}' ${patch_dir}/${temp}_patch_${j}.txt);do for n in $(awk '{print $2}' ${patch_dir}/${temp}_patch_${j}.txt);do if [ $n -ne $m ];then cat ${contact_dir}/${temp}-res.vor | awk '$2=='$m' && $6=='$n' {print $0}' >>${patch_contact_dir}/${temp1}_patch_${j}.txt fi done done #### abs=$(awk '{sum += $4};END {print sum}' ${patch_abs_dir}/${temp1}_patch_${j}.txt) con=$(awk '{sum += $9};END {print sum}' ${patch_contact_dir}/${temp1}_patch_${j}.txt) psaia=$(echo "$abs*$con" | bc) echo $j $abs $con $psaia >>${patch_psaia_dir}/${temp1}.txt #echo $j $con >>${patch_psaia_dir}/${temp1}_con.txt #### #echo $value if [ $value = 0 ];then #echo ${patch_dir}/${temp}_patch_${j} rm ${patch_dir}/${temp}_patch_${j}.txt fi done done

以下是用 Python 重写的代码: ```python import os contact_dir = './contact_dir' patch_dir = './patch_dir' surface_dir = './surface_dir' rsa_dir = './rsa_dir' patch_abs_dir = './patch_abs_dir' patch_contact_dir = './patch_contact_dir' patch_psaia_dir = './patch_psaia_dir' for i in os.listdir(contact_dir): # temp: 1acb_E-by # temp1: 1acb_E temp = i.split('-')[0] temp1 = temp.split('-')[0] with open(f'{contact_dir}/{i}') as f: contacts = f.read().splitlines() unique_contacts = list(set([c.split()[5] for c in contacts])) with open(f'{contact_dir}/{temp}-res.txt', 'w') as f: f.write('\n'.join(unique_contacts)) for j in unique_contacts: with open(f'{contact_dir}/{temp}-res.vor') as f: patch_j = [line for line in f if line.split()[5] == j] value = 0 for l in patch_j: res = open(f'{surface_dir}/{temp1}_surface.txt').read() if l.split()[1] in res: value = 1 # patch_abs with open(f'{patch_abs_dir}/{temp1}_patch_{j}.txt', 'w') as f: for k in patch_j: with open(f'{rsa_dir}/{temp1}_abs.txt') as f2: patch_abs = [line for line in f2 if line.split()[2] == k.split()[1]] f.write('\n'.join(patch_abs)) # patch_contact with open(f'{patch_contact_dir}/{temp1}_patch_{j}.txt', 'w') as f: for m in patch_j: for n in patch_j: if n.split()[1] != m.split()[1]: with open(f'{contact_dir}/{temp}-res.vor') as f2: patch_contact = [line for line in f2 if line.split()[1] == m.split()[1] and line.split()[5] == n.split()[5]] f.write('\n'.join(patch_contact)) # psaia abs_sum = sum(float(line.split()[3]) for line in open(f'{patch_abs_dir}/{temp1}_patch_{j}.txt')) con_sum = sum(float(line.split()[8]) for line in open(f'{patch_contact_dir}/{temp1}_patch_{j}.txt')) psaia = abs_sum * con_sum with open(f'{patch_psaia_dir}/{temp1}.txt', 'a') as f: f.write(f'{j} {abs_sum} {con_sum} {psaia}\n') if value == 0: os.remove(f'{patch_dir}/{temp}_patch_{j}.txt') ``` 注意,这里只是根据原始代码的语法和意思进行的重写,可能还需要根据实际情况进行调整。
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echo "××××××欢迎使用字符串匹配系统×××××" while : do echo " ××××××××××××××××××" echo " × 请选择功能" × echo " × 0.检查程序功能"× echo " × 1.字符串匹配" × echo " × 2.排 序" × echo " × 3.查 找" × echo " × 4.数据可视化" × echo " × 5.退 出" × echo " ××××××××××××××××××" read -rsN1 number case $number in 0) sudo apt-get install bowtie2 sudo apt-get install dos2unix sudo apt-get install samtools ;; 1) dos2unix ref.fa dos2unix reads1.fq bowtie2-build ref.fa ref bowtie2 -x ref -U reads1.fq -S result1.sam echo "匹配完成" echo "匹配结果存入result1.sam" ;; 2) declare -a y1 declare -a y2 declare -a y3 y1=(awk '{print $1}' result1.sam) y2=(awk '{print $4}' result1.sam) y3=(awk '{print $10}' result1.sam) length=0 length=${#y1[@]} for((i=0;i<length;i++));do { echo "${y1[i+3]} ${y2[i+1]} ${y3[i]}">>result1.txt } done sort -n -k 2 -t " " result1.txt>>result2.txt #将result.txt以第二列排序,输出存储到result2.txt grep -v ' 0 ' result2.txt >> result3.txt #排除匹配结果为0的结果并保存在result3.txt里 echo "排序完成!结果已经放在result3.txt里面" ;; 3)echo "请输入查找的左/右边界" read l1 r1 cat result1.txt | awk '{if($2>='$l1'&&$2<='$r1'){print $0>"result.txt"}}' echo "查找结果已经放在了resuyt.txt文件里。" ;; 4) echo "数据可视化" samtools view -bS result1.sam > result1.bam #sam文件转换为bam格式 samtools sort result1.bam result1.sort #对bam文件进行排序 samtools index result1.sorted.bam #创建bai索引 samtools tview result1.sort.bam ref.fa #可视化界面展示 ;; 5)echo "你已安全退出,欢迎下次使用!" exit 0 ;; esac done

以下shell脚本是什么意思,转成python是什么样的: if [ -s "${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.txt" ] ; then format_error_line=() invalid_error_line=() line_count=0 while read itemline do ((line_count++)) if ! grep -iE "^[.+][ ]{1,}pass .+|^[.+][ ]{1,}fail .+" <<<"$itemline" ; then format_error_line[${#format_error_line[@]}]="$line_count" fi #检查三层记录文件里是否有不可识别的符号 line_mark_count=$(awk -F "" '{print NF}' <<<"$itemline") for((line_mark_loop=0;line_mark_loop<line_mark_count;line_mark_loop++)) do line_mark_ascii=$(echo "${itemline:line_mark_loop:1}" | awk 'BEGIN{for(i=0;i<255;i++)a[sprintf("%c",i)]=i}{print a[$0]}') if ! [[ ${line_mark_ascii} -ge 32 && ${line_mark_ascii} -le 126 ]] ; then invalid_error_line[${#invalid_error_line[@]}]="$line_count" continue 2 fi done done <"${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.txt" if [ "0" != "${#format_error_line[@]}" ] ; then mv ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.txt ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.old echo "[level3_format] Fail $(date +"%y-%m-%d %H:%M:%S") format error,please check ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.old in line:${format_error_line[@]}" | tee "${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.txt" fi if [ "0" != "${#invalid_error_line[@]}" ] ; then [ ! -s ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.old ] && mv ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.txt ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.old echo "[level3_invalid_word] Fail $(date +"%y-%m-%d %H:%M:%S") content invalid word,please check ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.old in line:${invalid_error_line[@]}" | tee "${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.txt" fi fi

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