do ... done < a.txt

时间: 2024-09-10 10:26:29 浏览: 48
TXT

停用词表停用词.txt

`do ... done` 是bash shell脚本中的一种循环结构,它会逐行读取文件 `a.txt` 中的内容并在 `while` 循环内部执行相应的命令。这里 `< a.txt` 表示从文件 `a.txt` 读取输入流。要演示这个过程,假设 `a.txt` 内容如下: ```txt line1 line2 line3 ``` 你可以创建一个简单的bash脚本来展示这个行为: ```bash #!/bin/bash # 使用 while read 命令逐行读取 a.txt while read -r line; do echo "Processing line: $line" # 这里可以替换为实际要执行的命令 done < a.txt ``` 当你运行这个脚本时,它会在每次迭代中打印出 `a.txt` 文件中的每一行。如果 `a.txt` 的换行格式不匹配(如Windows格式的 `\r\n` 对于Unix/Linux的 `\n`),可能会导致解析错误。解决这个问题的方法是在读取之前转换换行符,例如: ```bash #!/bin/bash dos2unix a.txt while read -r line; do echo "Processing line: $line" done < a.txt ``` 这里使用了 `dos2unix` 命令将 Windows 换行符转换成 Unix 格式。
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echo "××××××欢迎使用字符串匹配系统×××××" while : do echo " ××××××××××××××××××" echo " × 请选择功能" × echo " × 0.检查程序功能"× echo " × 1.字符串匹配" × echo " × 2.排 序" × echo " × 3.查 找" × echo " × 4.数据可视化" × echo " × 5.退 出" × echo " ××××××××××××××××××" read -rsN1 number case $number in 0) sudo apt-get install bowtie2 sudo apt-get install dos2unix sudo apt-get install samtools ;; 1) dos2unix ref.fa dos2unix reads1.fq bowtie2-build ref.fa ref bowtie2 -x ref -U reads1.fq -S result1.sam echo "匹配完成" echo "匹配结果存入result1.sam" ;; 2) declare -a y1 declare -a y2 declare -a y3 y1=(awk '{print $1}' result1.sam) y2=(awk '{print $4}' result1.sam) y3=(awk '{print $10}' result1.sam) length=0 length=${#y1[@]} for((i=0;i<length;i++));do { echo "${y1[i+3]} ${y2[i+1]} ${y3[i]}">>result1.txt } done sort -n -k 2 -t " " result1.txt>>result2.txt #将result.txt以第二列排序,输出存储到result2.txt grep -v ' 0 ' result2.txt >> result3.txt #排除匹配结果为0的结果并保存在result3.txt里 echo "排序完成!结果已经放在result3.txt里面" ;; 3)echo "请输入查找的左/右边界" read l1 r1 cat result1.txt | awk '{if($2>='$l1'&&$2<='$r1'){print $0>"result.txt"}}' echo "查找结果已经放在了resuyt.txt文件里。" ;; 4) echo "数据可视化" samtools view -bS result1.sam > result1.bam #sam文件转换为bam格式 samtools sort result1.bam result1.sort #对bam文件进行排序 samtools index result1.sorted.bam #创建bai索引 samtools tview result1.sort.bam ref.fa #可视化界面展示 ;; 5)echo "你已安全退出,欢迎下次使用!" exit 0 ;; esac done

以下shell脚本是什么意思,转成python是什么样的: if [ -s "${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.txt" ] ; then format_error_line=() invalid_error_line=() line_count=0 while read itemline do ((line_count++)) if ! grep -iE "^[.+][ ]{1,}pass .+|^[.+][ ]{1,}fail .+" <<<"$itemline" ; then format_error_line[${#format_error_line[@]}]="$line_count" fi #检查三层记录文件里是否有不可识别的符号 line_mark_count=$(awk -F "" '{print NF}' <<<"$itemline") for((line_mark_loop=0;line_mark_loop<line_mark_count;line_mark_loop++)) do line_mark_ascii=$(echo "${itemline:line_mark_loop:1}" | awk 'BEGIN{for(i=0;i<255;i++)a[sprintf("%c",i)]=i}{print a[$0]}') if ! [[ ${line_mark_ascii} -ge 32 && ${line_mark_ascii} -le 126 ]] ; then invalid_error_line[${#invalid_error_line[@]}]="$line_count" continue 2 fi done done <"${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.txt" if [ "0" != "${#format_error_line[@]}" ] ; then mv ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.txt ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.old echo "[level3_format] Fail $(date +"%y-%m-%d %H:%M:%S") format error,please check ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.old in line:${format_error_line[@]}" | tee "${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.txt" fi if [ "0" != "${#invalid_error_line[@]}" ] ; then [ ! -s ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.old ] && mv ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.txt ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.old echo "[level3_invalid_word] Fail $(date +"%y-%m-%d %H:%M:%S") content invalid word,please check ${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.old in line:${invalid_error_line[@]}" | tee "${UUT_SN[itemloop]}_level3_item.txt" fi fi

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