如何bsub提交job

bsub命令通常用于Sun Grid Engine（SGE）系统中，这是一种分布式计算环境，用于管理和调度大量的并行任务。如果你想使用bsub提交job，你可以按照以下步骤操作：

1. 打开终端或命令提示符。
2. 首先，你需要激活SGE环境。如果已经配置，一般只需运行`source /path/to/sge/bin/login.sh`（路径取决于你的系统安装）。这将设置好SGE变量。
3. 编写作业脚本（script.sh），这是一个包含了你的程序、输入文件、输出文件路径以及所需的资源等信息的bash脚本。例如：

   #!/bin/bash
   #SBATCH -J job_name       # 设置作业名称
   #SBATCH -o output.txt     # 输出日志文件名
   #SBATCH -e error.txt     # 错误日志文件名
   #SBATCH -n 4              # 要求的处理器核心数
   #SBATCH -t 00:30:00      # 作业运行时间限制（hh:mm:ss）
   your_program input_file > output_file

4. 使用bsub命令提交作业，语法是`bsub <your_script.sh>`。例如：

   bsub script.sh

5. 等待作业提交成功，会返回一个作业ID。你可以通过`qstat`命令查看作业状态。

相关问题

bsub 根据job id 查询对应提交的command

您可以使用以下命令来查询特定作业ID的提交令：

bsub -o output.txt -e error.txt bjobs -l <job_id>

其中，`<job_id>`是您要查询的作业的ID。这个命令将输出作业的详细信息，包括提交命令和其他相关信息。作业的输出将被记录在`output.txt`文件中，而错误信息将被记录在`error.txt`文件中。

请注意，您需要有足够的权限来执行此操作，并且`bjobs`命令需要在您的系统中可用。

python 提交bsub命令

在Python中执行bsub命令，你可以使用`subprocess`模块来实现。`subprocess`模块允许你在Python中启动并与外部进程进行交互。

下面是一个示例代码，展示了如何在Python中运行bsub命令：

import subprocess

# bsub命令
bsub_command = "bsub -J job_name python script.py"

# 执行bsub命令
process = subprocess.Popen(bsub_command, shell=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)

# 获取标准输出和标准错误输出
stdout, stderr = process.communicate()

# 打印输出结果
print("标准输出：", stdout.decode())
print("标准错误输出：", stderr.decode())

在上面的示例中，你需要将`bsub_command`变量替换为你要执行的实际bsub命令。然后，`subprocess.Popen`函数会执行该命令，并返回一个`Popen`对象。你可以使用`.communicate()`方法来获取命令的标准输出和标准错误输出。

请注意，`shell=True`参数用于让`Popen`函数使用系统的shell来执行命令。这个参数在某些情况下可能会带来安全风险，因此请确保你的`bsub_command`是可信的。

希望能对你有所帮助！如果还有其他问题，请随时提问。