python中的swalign库

swalign是一个Python库，用于执行Smith-Waterman算法，这是一种常用于比对两个序列的局部比对算法。swalign库提供了一个简单的API，可以轻松地将其集成到Python程序中。

使用swalign库，可以计算两个序列之间的最佳比对，并返回比对的得分和位置。此外，还可以指定不同的比对参数，例如匹配得分、不匹配得分和间隙惩罚。

以下是一个使用swalign库执行Smith-Waterman比对的示例代码：

from swalign import Alignment

seq1 = "ACGTAGCTAGCTAGCT"
seq2 = "CGTAGCTAGCTAGCTA"

# 创建Alignment对象
aln = Alignment(seq1, seq2)

# 执行比对
aln.score()

# 获取比对结果
print(aln.matches())
print(aln.mismatches())
print(aln.score())