是上述第三步具体如何进行，代码填在何处

在第三步中，您需要配置 `INCAR` 文件中的多个参数来设置分子动力学模拟的关键参数和其他参数。这些参数的具体配置如下：

### 关键参数设置

IBRION = 0       # 启动分子动力学计算
POTIM = 1        # 分子动力学步长，通常设为1 fs
NSW = 10000      # 设置动力学步数
TEBEG = 298      # 设置初始温度
TEEND = 298      # 默认与初始温度相同

### 其他参数设置

NBLOCK = 1       # 多少时间步长写一次CONTCAR，CHG和CHGCAR，PCDAT
KBLOCK = 50      # NBLOCK * KBLOCK个步长写一次XDATCAR
ISMEAR = 0       # 费米狄拉克分布，0为高斯分布
LREAL = A        # 官方推荐用A或Auto
SIGMA = 0.05     # 单位：电子伏特
EDIFF = 1E-5     # 较小精度，影响第一个离子步自洽
LCHARG = F       # 无需电荷密度计算，CHG文件过大
ALGO = VeryFast  # 或者IALGO=48，RMM-DIIS算法加速，适合原子数较多体系
ISYM = 0         # VASP分子动力计算不使用对称性
SMASS = -3       # 控制动力学过程的速度，-3代表NVE系综

### 示例 `INCAR` 文件
以下是一个完整的 `INCAR` 文件示例，用于32个原子的单元格的分子动力学运行：

# 电子自由度
ENCUT = 300
LREAL = A                # 实空间投影
PREC = Normal            # 仅在测试后选择Low
EDIFF = 1E-5             # 不使用默认值（太大）
ISMEAR = 1               # 费米展宽：2000 K
SIGMA = 0.1              # 费米展宽：2000 K
ALGO = Very Fast         # 推荐用于MD（回退到ALGO= Fast）
MAXMIX = 40              # 从一个MD步骤重用混合器
NCORE = 4                # 每个轨道4个核心
ISYM = 0                 # 不使用对称性
NELMIN = 4               # 每个时间步至少4步，避免在2步后中断

# 分子动力学
IBRION = 0               # 分子动力学
NSW = 10000              # 10000步
POTIM = 1                # 1 fs
NWRITE = 0
LCHARG = .FALSE.
LWAVE = .FALSE.
TEBEG = 3063
TEEND = 3063             # 正则（Nosé）MD，每50步更新XDATCAR

### 文件说明
- **POSCAR**: 包含晶胞结构和原子坐标。
- **INCAR**: 包含所有输入参数，如上所示。
- **POTCAR**: 包含赝势文件，根据所选元素生成。
- **KPOINTS**: 包含k点网格，通常使用Gamma点（1 1 1）。

通过以上配置，您可以准备进行第一性原理分子动力学模拟，并利用VTST、VMD、vaspkit等工具进行结果分析。