如何用snpEFF对位点进行注释，让我知道这些位点落在了基因组的哪些区域

要使用snpEff对位点进行注释，并确定这些位点在基因组的哪些区域，可以按照以下步骤进行操作：

1. 安装snpEff：首先，你需要下载并安装snpEff工具。你可以从snpEff的官方网站（http://snpeff.sourceforge.net/）下载最新版本的软件包。按照官方文档提供的说明进行安装。

2. 准备基因组数据：你需要准备一个基因组数据集，以便snpEff进行注释。这个数据集可以是你自己的基因组序列文件，或者你可以从snpEff官方网站下载已经准备好的数据集（例如，hg19、hg38等）。

3. 构建snpEff数据库：使用snpEff提供的命令行工具，你需要构建一个基因组数据库，以便后续的注释。在终端中，进入snpEff安装目录，并执行以下命令：

   java -jar snpEff.jar build -g genome_name

其中，genome_name是你准备的基因组数据集的名称。

4. 运行注释：将包含待注释位点的VCF文件（例如，variants.vcf）放置在snpEff安装目录下，并执行以下命令：

   java -jar snpEff.jar annotate -c snpEff.config -v genome_name variants.vcf > annotated_variants.vcf

其中，snpEff.config是snpEff的配置文件，genome_name是你准备的基因组数据集的名称，annotated_variants.vcf是注释后的输出文件。

5. 查看注释结果：注释完成后，你可以打开annotated_variants.vcf文件，查看每个位点的注释结果。这些结果将包括位点所在的基因、转录本、外显子等信息。

通过以上步骤，你可以使用snpEff对位点进行注释，并了解这些位点在基因组的哪些区域。请确保按照官方文档提供的指南进行操作，并参考snpEff文档以获取更多详细信息和选项。