linux中使用awk将文件第二列中为CDS的行输出

在Linux中，如果你想使用`awk`来筛选GTF文件（如gencode.xxxxxx.gtf）中第二列（feature）为"CDS"的行，你可以这样做：

grep -E "^.*\tgene\t.*CDS.*$" gtf_file.gtf | awk -F '\t' '{if ($2 == "CDS") print}' > cds_lines.txt

这里解释一下命令步骤:

1. `grep -E "^.*\tgene\t.*CDS.*$" gtf_file.gtf`: 使用`grep`通过正则表达式匹配含有"gene"并且特征列(feature)包含"CDS"的行。正则表达式`^.*\tgene\t.*CDS.*$`表示从开头到结尾匹配以"gene"列开始且后面跟着"CDS"的行。

2. `awk -F '\t'`: 进入awk模式，`\t`定义字段分隔符为tab。

3. `{if ($2 == "CDS") print}`: 当行满足条件（即第二列等于"CDS"）时，打印该行。

4. `> cds_lines.txt`: 输出结果到名为`cds_lines.txt`的新文件中。

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awk '/^Mem/{print $3}' test.txt

其中，`/^Mem/` 表示匹配以 `Mem` 开头的行，`print $3` 表示打印输出第三列。`test.txt` 是原文件名。

执行该命令后，会输出 `test.txt` 文件中 `free -h` 命令的第三列的数值，即可方便地查看系统内存的使用情况。