如何使用DeepView进行蛋白质的同源建模，并通过Swiss-PdbViewer界面进行分子可视化？请结合《DeepView用户指南：Swiss-PdbViewer操作手册》进行详细解答。
时间: 2024-11-02 16:09:46 浏览: 47
蛋白质同源建模是分子生物学领域的一项重要技术，而DeepView（Swiss-PdbViewer）是一个强大的工具，用于完成这项任务并可视化分子结构。要深入理解这一过程，推荐参考《DeepView用户指南：Swiss-PdbViewer操作手册》。该指南提供了从软件基础到高级功能的全面指导，帮助用户在蛋白质同源建模和分子可视化方面取得进展。
参考资源链接：[DeepView用户指南：Swiss-PdbViewer操作手册](https://wenku.csdn.net/doc/647d4e5dd12cbe7ec33fbfe9?spm=1055.2569.3001.10343)
首先，通过《DeepView用户指南：Swiss-PdbViewer操作手册》了解软件的安装和启动流程。用户需要安装DeepView，并启动会话，然后通过菜单栏选择“Sequence”选项，进行同源建模。用户可以根据自己的目标蛋白质序列，选择合适的模板结构，然后进行序列比对和模型构建。
在序列比对的过程中，软件会显示目标序列与模板序列之间的相似性，帮助用户决定是否继续使用该模板进行建模。选择合适的模板后，DeepView允许用户使用内置的建模工具进行模型的构建。该过程包括了侧链的替换、骨架的构建等步骤。完成后，用户可以通过Swiss-PdbViewer的三维视图功能，对构建好的模型进行检查和优化。
在三维视图中，用户可以使用不同的渲染模式，查看蛋白质的表面、骨架或棍棒模型，并可进行旋转、缩放等操作，以便从不同角度和细节水平观察模型。此外，DeepView提供了多种分析工具，比如Ramachandran图和接触图，这些工具对于评估模型的准确性和完整性至关重要。
完成模型构建和检查后，可以通过DeepView的导出功能将模型保存为PDB文件，或者导出为其他格式的文件，以便进行进一步的分析或发表。整个过程中，《DeepView用户指南：Swiss-PdbViewer操作手册》是不可或缺的资源，它不仅提供了详细的步骤说明，还包括了大量实用的技巧和提示，帮助用户更高效地使用DeepView进行蛋白质同源建模。
在深入掌握同源建模和分子可视化的同时，如果希望进一步提高自己在该领域的知识水平，可以参考Gale Rhodes的《分子建模初学者教程》，以及DeepView提供的高级教程，这些资源将帮助你更全面地理解DeepView的高级功能和更复杂的建模技术。
参考资源链接：[DeepView用户指南：Swiss-PdbViewer操作手册](https://wenku.csdn.net/doc/647d4e5dd12cbe7ec33fbfe9?spm=1055.2569.3001.10343)
阅读全文
相关推荐
最新推荐
go 生成基于 graphql 服务器库.zip
格奇尔根 首页 > 文件 > gqlgen是什么？gqlgen是一个 Go 库，用于轻松构建 GraphQL 服务器。gqlgen 基于 Schema 优先方法— 您可以使用 GraphQL Schema 定义语言来定义您的 API 。gqlgen 优先考虑类型安全— 您永远不应该看到map[string]interface{}这里。gqlgen 启用 Codegen — 我们生成无聊的部分，以便您可以专注于快速构建您的应用程序。还不太确定如何使用gqlgen？将gqlgen与其他 Go graphql实现进行比较快速启动初始化一个新的 go 模块mkdir examplecd examplego mod init example添加github.com/99designs/gqlgen到项目的 tools.goprintf '//go:build tools\npackage tools\nimport (_ "github.com/99designs/gqlgen"\n _ "github.com/99designs/gqlgen
基于JAVA+SpringBoot+Vue+MySQL的社区物资交易互助平台 源码+数据库+论文(高分毕业设计).zip
项目已获导师指导并通过的高分毕业设计项目，可作为课程设计和期末大作业，下载即用无需修改，项目完整确保可以运行。
包含：项目源码、数据库脚本、软件工具等，该项目可以作为毕设、课程设计使用，前后端代码都在里面。
该系统功能完善、界面美观、操作简单、功能齐全、管理便捷，具有很高的实际应用价值。
项目都经过严格调试，确保可以运行！可以放心下载
技术组成
语言：java
开发环境：idea
数据库：MySql8.0
部署环境：maven
数据库工具：navicat
法研杯2021类案检索赛道三等奖方案源码+项目说明+数据.zip
法研杯2021类案检索赛道三等奖方案源码+项目说明+数据.zip是一个专为计算机相关专业（如计科、信息安全、数据科学与大数据技术等）学生设计的宝贵学习资源。该压缩包包含了完整的项目源码、详细的项目说明文档以及用于训练和测试的数据集，旨在帮助参赛者深入理解并掌握类案检索的相关技术和方法。该项目通过实际案例，展示了如何运用自然语言处理和机器学习技术对法律案件进行智能检索和匹配。项目内容涵盖了从数据预处理、特征提取到模型训练和评估的全过程，为学习和研究类案检索技术提供了全面的参考。本项目不仅适合作为课程设计、期末大作业或毕设项目的参考，也是企业员工提升技能、进行实践操作的优质学习资料。通过实际操作和学习该项目，用户可以加深对类案检索技术的理解，并在实践中不断提升自己的技能水平。请注意，由于该资源包含完整的项目源码和数据集，下载和使用时请确保遵守相关法律法规和道德规范，尊重知识产权和隐私权。同时，建议用户在使用前仔细阅读项目说明文档，了解项目的整体架构和使用方法，以便更好地利用该资源进行学习和研究。
基于Cesium实现的对倾斜摄影模型的单体化分层方案源码.zip
本资源提供了基于Cesium实现的倾斜摄影模型单体化分层方案的完整源码，旨在帮助开发者深入理解并实践三维地理空间数据的处理与展示。通过Cesium平台，用户能够将倾斜摄影获取的高精度三维模型进行单体化和分层处理，实现对模型中每个独立元素的精细管理和交互操作。该资源适合具备一定计算机编程基础的学习者，特别是对Cesium感兴趣的学生、研究人员及GIS行业从业者。通过下载并学习这些源码，用户可以掌握倾斜摄影模型在Cesium中的加载、单体化以及分层显示等关键技术，进而提升自己在三维地理信息系统开发领域的技能水平。
Go 的 PostgreSQL 驱动程序和工具包.zip
Go 的 PostgreSQL 驱动程序和工具包 pgx - PostgreSQL 驱动程序和工具包pgx 是 PostgreSQL 的纯 Go 驱动程序和工具包。pgx 驱动程序是一个低级、高性能接口，它公开了 PostgreSQL 特定的功能，例如LISTEN/ NOTIFY和COPY。它还包括一个标准database/sql接口的适配器。工具包组件是一组相关的软件包，用于实现 PostgreSQL 功能，例如解析线路协议以及 PostgreSQL 与 Go 之间的类型映射。这些底层软件包可用于实现替代驱动程序、代理、负载均衡器、逻辑复制客户端等。示例用法package mainimport ( "context" "fmt" "os" "github.com/jackc/pgx/v5")func main() { // urlExample := "postgres://username:password@localhost:5432/database_name" conn, err := pgx.Connect(context.B
WordPress作为新闻管理面板的实现指南
资源摘要信息: "使用WordPress作为管理面板"
WordPress，作为当今最流行的开源内容管理系统（CMS），除了用于搭建网站、博客外，还可以作为一个功能强大的后台管理面板。本示例展示了如何利用WordPress的后端功能来管理新闻或帖子，将WordPress用作组织和发布内容的管理面板。
首先，需要了解WordPress的基本架构，包括它的数据库结构和如何通过主题和插件进行扩展。WordPress的核心功能已经包括文章（帖子）、页面、评论、分类和标签的管理，这些都可以通过其自带的仪表板进行管理。
在本示例中，WordPress被用作一个独立的后台管理面板来管理新闻或帖子。这种方法的好处是，WordPress的用户界面（UI）友好且功能全面，能够帮助不熟悉技术的用户轻松管理内容。WordPress的主题系统允许用户更改外观，而插件架构则可以扩展额外的功能，比如表单生成、数据分析等。
实施该方法的步骤可能包括：
1. 安装WordPress：按照标准流程在指定目录下安装WordPress。
2. 数据库配置：需要修改WordPress的配置文件（wp-config.php），将数据库连接信息替换为当前系统的数据库信息。
3. 插件选择与定制：可能需要安装特定插件来增强内容管理的功能，或者对现有的插件进行定制以满足特定需求。
4. 主题定制：选择一个适合的WordPress主题或者对现有主题进行定制，以实现所需的视觉和布局效果。
5. 后端访问安全：由于将WordPress用于管理面板，需要考虑安全性设置，如设置强密码、使用安全插件等。
值得一提的是，虽然WordPress已经内置了丰富的管理功能，但在企业级应用中，还需要考虑性能优化、安全性增强、用户权限管理等方面。此外，由于WordPress主要是作为内容发布平台设计的，将其作为管理面板可能需要一定的定制工作以确保满足特定的业务需求。
【PHP】标签意味着在实现该示例时，需要使用PHP编程语言。WordPress本身是由PHP语言开发的，因此开发者可能需要具备PHP开发能力，或至少能够理解PHP代码基础，以便对WordPress进行定制和扩展。
最后，【压缩包子文件的文件名称列表】中的"dctb-wp-as-admin-panel-master"暗示了这是一个存放所有相关文件的主目录，包括源代码、配置文件、模板文件、资源文件等，这些文件是安装和运行WordPress管理面板所必需的。在实际部署时，开发者需要上传这些文件到服务器，按照文档说明进行配置和安装。
总之，本示例提供了一个通过WordPress来搭建一个简单新闻或帖子管理系统的思路，展示了如何利用现有的开源工具来实现特定的业务需求。开发者需要有相应的PHP和WordPress知识，以及对网络安全和性能优化的基本了解。
管理建模和仿真的文件
管理Boualem Benatallah引用此版本：布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学，1996年。法语。NNT：电话：00345357HAL ID：电话：00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆，用于存放和传播科学研究论文，无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构，也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
函数与模块化编程宝典：J750编程高效之路
参考资源链接：[泰瑞达J750设备编程基础教程](https://wenku.csdn.net/doc/6412b472be7fbd1778d3f9e1?spm=1055.2635.3001.10343)
# 1. 函数与模块化编程基础
## 1.1 编程中的函数基础
函数是编程的基础构件，它允许将代码块组织成可重复使用的组件。在函数中封装特定的逻辑
用C语言求有4个圆塔，圆心分别为（2，2)，(2，-2)，(-2，2)，(-2，-2)圆半径为1， 这4个塔的高度为10m 塔以外无建筑物接输入任意点的坐标 求该点的建筑高度（塔外的高度为零)的程序
在C语言中，你可以编写一个简单的函数来解决这个问题。首先，你需要确定每个圆是否包含了给定的点。如果包含，则返回塔高10米，如果不包含则返回0。这里提供一个基本的伪代码思路：
```c
#include <stdio.h>
#include <math.h>
// 定义圆的结构体
typedef struct {
double x, y; // 圆心坐标
int radius; // 半径
} Circle;
// 函数判断点是否在圆内
int is_point_in_circle(Circle circle, double px, double py) {
d
NPC_Generator：使用Ruby打造的游戏角色生成器
资源摘要信息:"NPC_Generator是一个专门为角色扮演游戏（RPG）或模拟类游戏设计的角色生成工具，它允许游戏开发者或者爱好者快速创建非玩家角色（NPC）并赋予它们丰富的背景故事、外观特征以及可能的行为模式。NPC_Generator的开发使用了Ruby编程语言，Ruby以其简洁的语法和强大的编程能力在脚本编写和小型项目开发中十分受欢迎。利用Ruby编写的NPC_Generator可以集成到游戏开发流程中，实现自动化生成NPC，极大地节省了手动设计每个NPC的时间和精力，提升了游戏内容的丰富性和多样性。"
知识点详细说明:
1. NPC_Generator的用途：
NPC_Generator是用于游戏角色生成的工具，它能够帮助游戏设计师和玩家创建大量的非玩家角色（Non-Player Characters，简称NPC）。在RPG或模拟类游戏中，NPC是指在游戏中由计算机控制的虚拟角色，它们与玩家角色互动，为游戏世界增添真实感。
2. NPC生成的关键要素：
- 角色背景故事：每个NPC都应该有自己的故事背景，这些故事可以是关于它们的过去，它们为什么会在游戏中出现，以及它们的个性和动机等。
- 外观特征：NPC的外观包括性别、年龄、种族、服装、发型等，这些特征可以由工具随机生成或者由设计师自定义。
- 行为模式：NPC的行为模式决定了它们在游戏中的行为方式，比如友好、中立或敌对，以及它们可能会执行的任务或对话。
3. Ruby编程语言的优势：
- 简洁的语法：Ruby语言的语法非常接近英语，使得编写和阅读代码都变得更加容易和直观。
- 灵活性和表达性：Ruby语言提供的大量内置函数和库使得开发者可以快速实现复杂的功能。
- 开源和社区支持：Ruby是一个开源项目，有着庞大的开发者社区和丰富的学习资源，有利于项目的开发和维护。
4. 项目集成与自动化：
NPC_Generator的自动化特性意味着它可以与游戏引擎或开发环境集成，为游戏提供即时的角色生成服务。自动化不仅可以提高生成NPC的效率，还可以确保游戏中每个NPC都具备独特的特性，使游戏世界更加多元和真实。
5. 游戏开发的影响：
NPC_Generator的引入对游戏开发产生以下影响：
- 提高效率：通过自动化的角色生成，游戏开发团队可以节约大量时间和资源，专注于游戏设计的其他方面。
- 增加多样性：自动化的工具可以根据不同的参数生成大量不同的NPC，为游戏世界带来更多的故事线和交互可能性。
- 玩家体验：丰富的NPC角色能够提升玩家的沉浸感，使得玩家在游戏中的体验更加真实和有吸引力。
6. Ruby在游戏开发中的应用：
虽然Ruby不是游戏开发中最常用的编程语言，但其在小型项目、原型设计、脚本编写等领域有其独特的优势。一些游戏开发工具和框架支持Ruby，如Ruby on Rails可以在Web游戏开发中发挥作用，而一些游戏开发社区也在探索Ruby的更多潜力。
7. NPC_Generator的扩展性和维护：
为了确保NPC_Generator能够长期有效地工作，它需要具备良好的扩展性和维护性。这意味着工具应该支持插件或模块的添加，允许社区贡献新功能，并且代码应该易于阅读和修改，以便于未来的升级和优化。
综上所述，NPC_Generator是一款利用Ruby编程语言开发的高效角色生成工具，它不仅提高了游戏开发的效率，而且通过提供丰富多样的NPC角色增加了游戏的深度和吸引力。随着游戏开发的不断发展，此类自动化工具将变得更加重要，而Ruby作为一种支持快速开发的编程语言，在这一领域有着重要的应用前景。