在4.1.3版本的R语言中建立加权有向ergm模型,模型中的变量包含边和几何几何加权二元共享伙伴,参照分布项设置为泊松分布,借助MCMCpack包对模型分别使用MH采样函数以及Gibbs采样函数下的MCMC算法进行参数估计,迭代1000次,并且绘制后验密度图、迭代轨迹图、自相关图像
时间: 2024-02-05 18:11:22 浏览: 594
建立加权有向ergm模型可以使用ergm包,首先需要安装和加载该包。假设我们有一个有向网络数据`netdata`,其中包含了边和几何几何加权二元共享伙伴两个变量,我们可以使用以下代码建立模型:
```
library(ergm)
model <- ergm(netdata ~ edges + gwidegree(0.5, fixed=TRUE) + gwesp(0.5, fixed=TRUE),
response = "weight",
constraint = "nonnegative")
```
其中`edges`表示边变量,`gwidegree`表示几何几何加权二元共享伙伴的入度和出度,`gwesp`表示几何几何加权二元共享伙伴的三元组,`response`设置为"weight"表示对边权进行建模,`constraint`设置为"nonnegative"表示边权不能为负数。
接下来,我们可以使用MCMCpack包中的`metrop`函数进行MH采样,代码如下所示:
```
library(MCMCpack)
set.seed(123)
mcmc <- MCMCmetrop1R(model, burnin = 100, mcmc = 1000, thin = 1, verbose = TRUE)
```
其中`burnin`表示烧掉的迭代次数,`mcmc`表示总的迭代次数,`thin`表示每隔几次迭代保留一次样本,`verbose`设置为TRUE表示输出采样过程中的信息。
接下来,我们可以使用MCMCpack包中的`gibbs`函数进行Gibbs采样,代码如下所示:
```
set.seed(123)
mcmc <- MCMCgibbsR(model, burnin = 100, mcmc = 1000, thin = 1, verbose = TRUE)
```
同样的,`burnin`表示烧掉的迭代次数,`mcmc`表示总的迭代次数,`thin`表示每隔几次迭代保留一次样本,`verbose`设置为TRUE表示输出采样过程中的信息。
最后,我们可以使用`coda`包中的函数对MCMC采样得到的样本进行分析,代码如下所示:
```
library(coda)
mcmc_summary <- summary(as.mcmc(mcmc))
mcmc_density <- densityplot(as.mcmc(mcmc))
mcmc_trace <- traceplot(as.mcmc(mcmc))
mcmc_autocorrelation <- autocorr.plot(as.mcmc(mcmc))
```
其中`summary`函数可以输出MCMC采样得到的参数估计结果,`densityplot`函数可以绘制后验密度图,`traceplot`函数可以绘制迭代轨迹图,`autocorr.plot`函数可以绘制自相关图像。
需要注意的是,以上代码中的参数设置可能需要根据实际情况进行调整。
阅读全文