优化代码dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = exprSet,colData = colData,design = ~ group_list)

好的，我了解你的问题。对于这段代码，我可以提供两个优化建议：

1. 使用data.table代替DESeqDataSetFromMatrix函数

使用data.table可以大大提高数据处理的效率，尤其是当你的数据量很大时。你可以将exprSet和colData转换为data.table格式，然后使用data.table的merge函数将它们合并起来。

2. 预处理countData

在DESeqDataSetFromMatrix函数中，countData参数是一个表达矩阵，它通常包含大量的0值。这些0值会降低DESeq2的效率。因此，在使用DESeq2之前，建议对countData进行一些预处理，例如使用edgeR的cpm函数将表达值转换为CPM值，然后使用filterByExpr函数选取具有一定表达量的基因。这样可以减少0值的数量，提高DESeq2的效率。

相关问题

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = data, colData = group_list, design = ~ stat) Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) : some values in assay are not integers

这 error 是因为 `countData` 中的一些值不是整数，DESeq2 需要读入的是整数 count 数据。你可以使用 `round()` 函数将浮点数四舍五入为整数，或者使用 `as.integer()` 函数将浮点数强制转换为整数。你可以尝试以下代码：

data <- round(data)
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = data, colData = group_list, design = ~ stat)

或者：

data <- as.integer(data)
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = data, colData = group_list, design = ~ stat)

希望能帮到你！

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(rownames=file,countData=ABC_1,colData=group,design=~dex) Error in SummarizedExperiment(assays = SimpleList(counts = countData), : unused argument (rownames = list(c("Ifit1bl1", "Pacsin1", "Penk", "Gpr146", "S1pr4", "Nxpe4", "Cxcr5", "Rag1", "Hlf", "Mus_musculus_newGene_4193", "Asb2", "Prkcz", "Rgs11", "Slc22a15", "Fgl2", "Cnn2", "H2-DMa", "Gbp5", "Batf3", "Traf5", "Igfbp7", "Mus_musculus_newGene_3992", "Aldh1a2", "Mus_musculus_newGene_469", "Mus_musculus_newGene_5293", "Vdr", "Bgn", "Car5b", "Lyz1", "Parp3", "F2r", "Tnfrsf21", "Enpp1", "Gramd3", "Cd274", "Mus_musculus_newGene_4443", "Mus_musculus_newGene_4440", "Mus_musculus_newGene_4447", "Mus_musculus_newGene_4446", "Mus_musculus_newGene_4445", "Mus_musculus_newGene_4449", "Tnfsf8", "Lmntd2", "Ms4a4c", "Ms4a6b", "Cd6", "ENSMUSG00000107877", "Slc28a2b", "Xaf1", "Cdkn2a", "Lama5", "Zbtb4", "Lzts2", "Sema4f", "Usp18", "Bhlhe40", "Icos", "Cst7", "Tfeb", "Srd5a1", "Glrx", "Maoa", "Id2", "Rsad2", "Sting1", "Ifi214", "Sdhaf1", "Ldhd", "Card6", "Mus_musculus_newGene_4344", "Mus_musculus_newGene_4345", "Mus_musculus_newGene_4346", "Mus_musculus_newGene_4347",

根据你提供的代码，出现了一个错误。错误信息是"unused argument (rownames = list(...))"，意味着在创建 `DESeqDataSetFromMatrix` 对象时使用了一个未使用的参数 `rownames`。

`DESeqDataSetFromMatrix` 函数不接受 `rownames` 参数。可能是因为你尝试将行名传递给了 `rownames` 参数，但实际上 `DESeqDataSetFromMatrix` 函数不需要显式指定行名。

要正确使用 `DESeqDataSetFromMatrix` 函数，请参考以下示例代码：

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC_1, colData = group, design = ~ dex)

在这个示例中，我们只传递了必需的参数 `countData`、`colData` 和 `design`。确保 `ABC_1` 是一个数值型矩阵，`group` 是一个包含样本信息的数据框，`dex` 是表示设计的因子变量。

如果还有其他问题，请随时提问。