FeatureCounts需要参考其官方文档
时间: 2023-10-06 09:10:12 浏览: 102
是的,使用FeatureCounts进行基因表达定量需要参考其官方文档,文档提供了详细的使用说明和参数说明,以便研究人员更好地进行基因表达定量分析。
FeatureCounts官方文档地址为:http://subread.sourceforge.net/documentation.html。
在该官方文档中,可以查看FeatureCounts的安装方法、使用说明、参数说明和示例等内容。研究人员可以根据自己的需求进行相应的设置和调整,以便更好地进行基因表达定量分析。
需要注意的是,FeatureCounts使用方法和参数设置与RNA测序数据的不同类型(如单端测序和双端测序)和不同平台(如Illumina、PacBio和Nanopore)有关,因此在使用FeatureCounts进行基因表达定量前,需要先了解和确认数据的类型和平台等信息。
相关问题
featurecounts
featurecounts 是一个用于计算基因或转录本在高通量测序数据中的映射reads数目的工具。它可以帮助分析人员快速而准确地统计每个基因在样本中的表达水平,并提供详细的计数统计结果。
使用 featurecounts,首先需要准备好测序数据的比对结果文件(通常是BAM格式),以及基因或转录本的注释文件(GTF格式)。然后,使用 featurecounts 对比对结果进行计数操作。featurecounts 会根据比对结果和注释文件,将每个read映射到相应的基因或转录本,并计算每个基因或转录本的计数数目。计数结果可以表示为每个基因在每个样本中的计数矩阵。
featurecounts 支持多种计数模式,包括计算所有read的比对位置,计算不重复的read的比对位置,以及计算过滤后的非重复read的比对位置等。这样可以根据具体需要灵活选择合适的计算模式。featurecounts 还支持多种测序平台,包括RNA-seq、chip-seq、miRNA-seq等。
通过 featurecounts 得到的计数结果可以用于后续的差异表达分析、富集分析、聚类分析等。它提供了简单易用的命令行和图形界面,具有高效、准确和可靠的特点,因此被广泛应用于生物学研究中。
总之,featurecounts 是一个功能强大的工具,可以帮助研究人员在高通量测序数据分析中快速、准确地计算基因或转录本的映射reads数目,为后续的功能分析提供重要的基础。
FeatureCounts详细参数
以下是FeatureCounts的常用参数和选项:
1. -a/--annotation:指定注释文件,可以是GTF或GFF格式。
2. -o/--outFileName:指定输出文件名。
3. -t/--featureType:指定要计数的特征类型,如exon、gene和transcript等,默认为"exon"。
4. -g/--geneId:指定用于计数的基因ID列名,默认为"gene_id"。
5. -s/--strand:指定对于单端测序数据,是否考虑链特异性,可以是0、1或2,分别表示不考虑、考虑正链、考虑负链,默认为0;对于双端测序数据,可以是"yes"或"reverse",分别表示考虑正链和考虑负链。
6. -F/--format:指定输入文件格式,可以是BAM、SAM或SAMSE,默认为BAM。
7. -M/--minReadOverlap:指定最小重叠长度,即被计数特征和比对结果的重叠长度必须大于该值才会被计数,默认为1。
8. -Q/--quality:指定最低比对质量阈值,默认为10。
9. -O/--readExtension5:指定5'端延伸长度。
10. -T/--readExtension3:指定3'端延伸长度。
11. -B/--fraction:指定分数值,表示比对结果与特征的重叠长度和比对结果的长度之比必须大于该值才会被计数,默认为0.5。
12. -C/--checkFragLength:指定是否检查片段长度,默认为不检查。
13. -g/--ignoreDup:指定是否忽略重复比对,默认为不忽略。
以上是FeatureCounts的常用参数和选项,使用时需要根据具体情况进行设置和调整。另外,FeatureCounts还提供了多种高级参数和选项,如多样本合并、基因长度修正和互斥特征计数等,可以根据需要进行设置。完整的参数和选项说明可以参考FeatureCounts官方文档:http://subread.sourceforge.net/。
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