反向互补链是啥,是指不在参考基因组里的reads吗
时间: 2024-03-07 21:53:26 浏览: 35
反向互补链(reverse complementary strand)是指DNA双链的一条链,其碱基序列与参考基因组上的DNA序列互补并反向排列,即每个碱基的互补碱基与参考基因组上的DNA序列上对应位置的碱基相同,但它们的顺序是相反的。由于DNA的双链结构,每个反向互补链都有一个对应的正向链(forward strand),其碱基序列和参考基因组上的DNA序列相同,因此在进行比对时,每个reads都可以与正向链或反向互补链比对。
而reads是否在参考基因组上并不是由它的反向互补性质决定的。无论reads在参考基因组上的位置是正向链还是反向互补链,都可能存在反向互补性。如果一个read在参考基因组上的位置是反向互补链,那么它的flag标志中的第5位(16)就会被标记为1。因此,在进行reads过滤或筛选时,可以使用SAM格式中的flag标志来判断read是否在参考基因组上,并根据需要进行进一步的操作。
相关问题
二代双端数据先利用bbmap过滤核基因组,用剩下的reads利用spades.py进行组装,流程是什么样,具体参数是什么样的
这个流程大致如下:
1. 使用BBMap对原始双端reads进行质量控制和去除低质量reads,命令如下:
```
bbduk.sh in1=reads1.fq.gz in2=reads2.fq.gz out1=clean1.fq.gz out2=clean2.fq.gz qtrim=rl trimq=10 minlen=50
```
参数解释:
- in1: 第一条原始reads数据文件
- in2: 第二条原始reads数据文件
- out1: 第一条过滤后的reads输出文件
- out2: 第二条过滤后的reads输出文件
- qtrim: 去除低质量碱基的方式,r表示从右侧开始去除,l表示从左侧开始去除,rl表示同时从两侧去除
- trimq: 低质量碱基的阈值,小于该值的碱基会被去除
- minlen: 过滤后reads的最小长度
2. 使用SPAdes对过滤后的reads进行组装,命令如下:
```
spades.py -1 clean1.fq.gz -2 clean2.fq.gz -t 4 -o assembly_result
```
参数解释:
- -1: 第一条过滤后的reads数据文件
- -2: 第二条过滤后的reads数据文件
- -t: 线程数
- -o: 输出目录
在实际操作中,还需要根据数据特点和实验设计进行相应的参数调整。
short reads是什么意思
Short是指在读取或写入操作中,传输的字节数少于请求的字节数的情况。也就是说,当程序希望传输确定数量的字节时,可能会发生短读或短写情况。 这种情况对于程序来说是一个错误,需要重新开始操作,并继续直到传输所需的字节数。Asio提供了一些函数(如read()、async_read()、write()和async_write())来自动处理这种情况。 短读或短写可能是由于流的结束引起的,这种情况下读取N字节可能会提前完成。EOF错误可以用来区分流的结束和大小为0的成功读取。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span><span class="em">4</span>
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