使用python创建一个可以并行在linux命令行模式下执行的test_all.py脚本,可以同时执行同一目录下的命令run test1.log,run test2.log
时间: 2023-02-21 19:24:30 浏览: 81
您可以使用 Python 的 `subprocess` 模块来创建一个能够在 Linux 命令行模式下并行执行的 test_all.py 脚本。
以下是一个示例代码:
```
import subprocess
def run_command(command):
return subprocess.Popen(command, shell=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
commands = ['run test1.log', 'run test2.log']
processes = [run_command(command) for command in commands]
for process in processes:
process.wait()
```
该代码将使用 `subprocess.Popen` 函数创建两个子进程,分别执行 `run test1.log` 和 `run test2.log` 命令。每个子进程都在后台运行,因此它们可以同时运行。最后,代码使用 `process.wait()` 等待所有子进程完成。
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2. 运行以下命令来下载数据库:
```
python3 download_eggnog_database.py
```
这将会下载一个 ~1G 的压缩文件 eggnog_proteins.dmnd.gz。
3. 下载完成后,运行以下命令对压缩文件进行解压:
```
gunzip eggnog_proteins.dmnd.gz
```
这将会解压出 eggnog_proteins.dmnd 数据库文件。
4. 将下载的 eggnog_proteins.dmnd 数据库文件的路径指定到 emapper.py 命令中。
```
emapper.py -i '/mnt/hgfs/H/DATA/fq/HB-022/prodigal_outdir/prodigal_outdir.faa' -o '/mnt/hgfs/H/DATA/fq/HB-022/emaper_outdir' DIAMOND database /path/to/eggnog_proteins.dmnd
```
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```
python3 cv_find_stream.py
```
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