class MolecularGCN(nn.Module): def __init__(self, in_feats, dim_embedding=128, padding=True, hidden_feats=None, activation=None): super(MolecularGCN, self).__init__() self.init_transform = nn.Linear(in_feats, dim_embedding, bias=False)是什么

这是一个名为 MolecularGCN 的 PyTorch 模块，它是一个分子图卷积神经网络，用于分子结构的学习和预测。它的输入特征维度为 in_feats，输出特征维度为 dim_embedding，可以选择是否进行 padding，可以设置隐藏层特征维度和激活函数。其中，init_transform 是一个线性变换层，用于将输入特征转换为指定维度的特征表示。

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class MemoryEncoding(nn.Module): def __init__(self, in_feats, out_feats, mem_size): super(MemoryEncoding, self).__init__() self.in_feats = in_feats self.out_feats = out_feats self.mem_size = mem_size self.linear_coef = nn.Linear(in_feats, mem_size, bias=True) self.act = nn.LeakyReLU(0.2, inplace=True) self.linear_w = nn.Linear(mem_size, out_feats * in_feats, bias=False)

这段代码定义了一个名为 `MemoryEncoding` 的类，它是一个继承自 `nn.Module` 的神经网络模块。

在 `__init__` 方法中，它接受三个参数：`in_feats`（输入特征的大小）、`out_feats`（输出特征的大小）和 `mem_size`（内存大小）。然后，它调用 `super()` 函数来初始化基类 `nn.Module`，并将输入参数保存为类的属性。

接下来，它创建了几个神经网络层：
- `self.linear_coef` 是一个线性层，将输入特征的大小 `in_feats` 转换为权重系数 `mem_size`。这个线性层具有偏置项。
- `self.act` 是一个带有负斜率的泄露线性整流单元（LeakyReLU）激活函数。它用于引入非线性性并提高模型的表达能力。
- `self.linear_w` 是另一个线性层，将权重系数 `mem_size` 转换为权重 `out_feats * in_feats`。这个线性层没有偏置项。

这些神经网络层将在模块的前向传播过程中使用，用于对输入数据进行编码和生成权重。

class GNNLayer(nn.Module): def __init__(self, in_feats, out_feats, mem_size, num_rels, bias=True, activation=None, self_loop=True, dropout=0.0, layer_norm=False): super(GNNLayer, self).__init__() self.in_feats = in_feats self.out_feats = out_feats self.mem_size = mem_size self.num_rels = num_rels self.bias = bias self.activation = activation self.self_loop = self_loop self.layer_norm = layer_norm self.node_ME = MemoryEncoding(in_feats, out_feats, mem_size) self.rel_ME = nn.ModuleList([ MemoryEncoding(in_feats, out_feats, mem_size) for i in range(self.num_rels) ]) if self.bias: self.h_bias = nn.Parameter(torch.empty(out_feats)) nn.init.zeros_(self.h_bias) if self.layer_norm: self.layer_norm_weight = nn.LayerNorm(out_feats) self.dropout = nn.Dropout(dropout)

这段代码定义了一个 `GNNLayer` 类，它是一个图神经网络（GNN）的层。让我来解释一下每个部分的作用：

- `in_feats`：输入特征的大小。
- `out_feats`：输出特征的大小。
- `mem_size`：内存大小。
- `num_rels`：关系类型的数量。
- `bias`：是否使用偏置项。
- `activation`：激活函数（如果有）。
- `self_loop`：是否使用自环（self-loop）边。
- `dropout`：Dropout 的概率。
- `layer_norm`：是否使用层归一化（layer normalization）。

接下来，具体说明 `GNNLayer` 类的初始化过程：

- 调用 `super()` 函数来初始化基类 `nn.Module`，并保存输入参数为类的属性。
- 创建了一个名为 `node_ME` 的 `MemoryEncoding` 实例，用于处理节点特征。
- 创建了一个长度为 `num_rels` 的 `nn.ModuleList`，其中每个元素是一个名为 `rel_ME` 的 `MemoryEncoding` 实例，用于处理关系特征。
- 如果设置了 `bias`，则创建了一个可学习的偏置项参数 `h_bias`。
- 如果设置了 `layer_norm`，则创建了一个层归一化的权重参数 `layer_norm_weight`。
- 创建了一个 Dropout 层，用于进行随机失活操作。

这段代码展示了如何初始化一个 GNN 层，并配置其中所需的各种参数和组件。