Failed to open tabular output file omp_amphibia/Rana_temporaria-GCA_905171775.1_assembly2021-01-28.fna.tblout for writing
时间: 2024-06-01 17:09:04 浏览: 159
这个错误信息提示无法打开一个名为 "Rana_temporaria-GCA_905171775.1_assembly2021-01-28.fna.tblout" 的文件进行写入操作。可能是因为该文件正在被其他程序占用或者您没有写入该文件的权限。您可以尝试关闭其他程序,或者更改该文件的权限,使得您有写入该文件的权限。
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SampleID=JN_1901 Blast_out=/Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/ Diamond_file_in=/Analysis_B/20220326_JNILI/004_Trinity/JN_1901_trinity.fa #### 003 #### cd ${Blast_out} blastn -query ${Diamond_file_in} -db "/home/Reference_database/NCBI_db_nt/" -out ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out -num_threads 12 -outfmt 6 qseqid qlen saccver salltitles slen pident length qcovs bitscore evalue staxids -evalue 1e-5 awk -F$'/t' '!seen[$1]++' ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out > ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique帮我解释一下这段代码
这段代码主要是进行基因序列比对和去重的过程,其中:
- SampleID=JN_1901 是样本的编号;
- Blast_out=/Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/ 是blast比对结果的输出路径;
- Diamond_file_in=/Analysis_B/20220326_JNILI/004_Trinity/JN_1901_trinity.fa 是基因组装结果的路径;
- cd ${Blast_out} 进入blast比对结果的输出路径;
- blastn -query ${Diamond_file_in} -db "/home/Reference_database/NCBI_db_nt/" -out ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out -num_threads 12 -outfmt 6 qseqid qlen saccver salltitles slen pident length qcovs bitscore evalue staxids -evalue 1e-5 进行blastn比对,-query指定比对的查询序列,-db指定参考序列库,-out指定输出文件名,-num_threads指定线程数,-outfmt指定输出格式,这里是tabular格式;
- awk -F$'/t' '!seen[$1]++' ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out > ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique 根据比对结果中的qseqid(即查询序列的ID)进行去重,这里使用awk命令,-F指定分隔符为制表符,!seen[$1]++表示如果第一个字段(即qseqid)没有出现过,则保留该行,否则忽略该行,最终输出去重后的结果到${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique文件中。
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