请用python实现以下组学特征筛选过程:删除特征中的冗余特征(特征间相关系数大于0.9的特征,如两个特征间相关系数大于0.9,保留其中与所有特征相关系数平均值较小的特征),余特征保留到Excel_1中
时间: 2023-06-08 18:04:36 浏览: 133
基于python实现在Excel中按条件筛选数据并存入新的表
您好,我是ChitGPT,我们可以开始对话了。
对于您的问题,以下是一种Python实现方法:
``` python
import pandas as pd
import numpy as np
# 载入数据
data = pd.read_csv('data.csv')
# 计算相关系数矩阵
cor = data.corr()
# 找到冗余特征,即相关系数大于0.9的特征对
high_corr = set()
for i in range(len(cor.columns)):
for j in range(i):
if abs(cor.iloc[i, j]) > 0.9:
high_corr.add((cor.columns[i], cor.columns[j]))
# 保留其中与所有特征相关系数平均值较小的特征
to_drop = set()
for (f1, f2) in high_corr:
if f1 not in to_drop and f2 not in to_drop:
avg_corr_f1 = np.mean(abs(cor[f1]))
avg_corr_f2 = np.mean(abs(cor[f2]))
if avg_corr_f1 < avg_corr_f2:
to_drop.add(f2)
else:
to_drop.add(f1)
# 删除冗余特征并保存到Excel
data.drop(to_drop, axis=1).to_excel('Excel_1.xlsx', index=False)
```
这段代码首先从csv文件中载入数据,并计算相关系数矩阵。接着找到所有相关系数大于0.9的特征对,然后根据平均相关系数的大小确定要保留的特征,最后将剩余的特征保存到Excel文件中。如果您有多个数据文件需要处理,可以将这段代码封装成函数,并在调用时传递文件名和保存的Excel文件名作为参数。
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