ciber <- CIBERSORT(sig_matrix = "E:/GSVA/CIBERSORT/LM22.txt", + mixture_file = "E:/GSVA/TCGA_SKCM.exp.txt", + perm = 100, + QN = TRUE) Error in write.table(rbind(header, output), saveLocation, sep = "\t", : argument "saveLocation" is missing, with no default

这个错误是因为在你的代码中，`write.table`函数需要一个参数`saveLocation`，但是你没有提供它。你需要指定要将结果写入的文件路径和文件名，例如：

write.table(rbind(header, output), "output.txt", sep = "\t")

在这个例子中，结果将被写入名为"output.txt"的文件中。你可以根据你的需要更改文件路径和文件名。

相关问题

mycol <- ggplot2::alpha(rainbow(ncol(ciber.res)), 0.7) #创建彩虹色板（带70%透明度） par(bty="o", mgp = c(2.5,0.3,0), mar = c(2.1,4.1,2.1,10.1),tcl=-.25,las = 1,xpd = F) barplot(as.matrix(t(ciber.res)), border = NA, # 柱子无边框写 names.arg = rep("",nrow(ciber.res)), # 无横坐标样本名 yaxt = "n", # 先不绘制y轴 ylab = "Relative percentage", # 修改y轴名称 col = mycol) # 采用彩虹色板 axis(side = 2, at = c(0,0.2,0.4,0.6,0.8,1), # 补齐y轴添加百分号 labels = c("0%","20%","40%","60%","80%","100%")) legend(par("usr")[2]-20, # 这里-20要根据实际出图的图例位置情况调整 par("usr")[4], legend = colnames(ciber.res), xpd = T, fill = mycol, cex = 0.6, border = NA, y.intersp = 1, x.intersp = 0.2, bty = "n")

这段代码使用R语言中的ggplot2库创建了一个彩虹色柱形图，用于展示数据矩阵ciber.res中每一列的相对百分比。具体实现过程如下：

1. 使用ggplot2库中的alpha函数创建一个带有70%透明度的彩虹色板，并将其赋值给mycol变量。

2. 设置绘图参数，包括图形边框类型、刻度标签位置、轴标签名称等。

3. 使用barplot函数绘制柱形图。其中，as.matrix(t(ciber.res))将数据矩阵ciber.res转置并转换为矩阵形式，border参数设置柱子无边框，names.arg参数设置横坐标样本名为空字符串，yaxt参数先不绘制y轴，col参数使用之前创建的彩虹色板。

4. 使用axis函数添加y轴，并补齐y轴标签添加百分号。

5. 使用legend函数添加图例。其中，par("usr")[2]-20和par("usr")[4]分别表示图例左下角的x、y坐标，legend参数设置图例文本为数据矩阵ciber.res的列名，fill参数使用彩虹色板填充图例颜色，cex参数设置图例文本大小，border参数设置图例边框无颜色，y.intersp参数设置图例文本行间距，x.intersp参数设置图例文本列间距，bty参数设置图例样式为无边框。